세 개의 열이 있는 데이터세트가 있습니다. https://drive.google.com/file/d/1gtCssfAXHxRjGfX8uTAaimGPWCA2cnci/view?usp=sharing 처음 몇 줄은 다음과 같습니다. ID transcript_id go_description MA_10000213g0010 MA_10000213g0010 MA_10000405g0010 MA_10000405g0010 GO:0006468-protein phosphorylation;GO:003...
탭으로 구분된 열이 포함된 파일이 있습니다 tsv. 공백으로 구분된 값이 있는 다섯 번째 열을 가져오고 싶습니다. 구분된 공백을 탭 구분으로 변환하고 새 파일로 저장합니다. 시도: cut -d"\t" -f"4" input.tsv awk -v OFS="\t" '$1=$1' input.tsv > output.tsv 입력하다: Composite_Element_REF Gene_Symbol Chromosome Genomic_Coordinate TCGA-KL-8323-01A-...
2열, 3열, 1열의 연속 셀이 동일한 경우 9열의 C_R합계 수를 계산하려고 합니다. S_R파일은 침대 형식(탭으로 구분된 형식)입니다. 원본 파일은 크고 첫 번째 열은 염색체 번호를 정의합니다. 파일의 처음 몇 줄은 다음과 같습니다. chr1 10200 10300 8 10000 10214 100 214 S_R chr1 10200 10300 8 10009 10233 100 224 S_R chr1 10200 10300 8 10014 1...
첫 번째 부분을 복사하고 싶습니다(익소스카EVm****t1_,아니요'.p[번호]') ">"로 시작하는 줄을 입력하고 같은 줄의 마지막 ":" 앞에 a를 붙여넣습니다. 입력하다: >IxoscaEVm2293881t1.p1 type:complete len:255 gc:Universal :13-219(+) MFLRQLGAPRFYYARLFLRFIAVTIGPFLKSFPEKMLFLTYFPFYFWQRFSNINKRRKLLPATFLTLG >IxoscaEVm2798449t1.p1 type:partial5...
grep 명령을 일련의 다른 명령과 함께 사용하여 일련의 문자(예: fasta 파일의 "GAATTC")를 찾고 각 일치 항목 사이에 몇 개의 문자가 있는지 계산할 수 있는 방법이 있습니까? ...
다음 코드를 사용하여 다른 기존 열의 계산을 기반으로 탭 구분 txt 파일에 두 개의 새 열(15 및 16)을 추가하고 있습니다. 문제: 새 열 데이터가 터미널에 표시되지만 파일이 열로 업데이트되지 않습니다. 다른 파일( )로 보내면 code ... > Sample.....2.txt열은 존재하지만 구분 기호는 탭에서 공백으로 변경됩니다. 필수: 탭으로 구분된 파일의 기존 열 계산을 기반으로 코드 한 줄에 열 15와 16을 추가합니다. 파일: Sample1_RVDB_sort_unique.txt 암...
두 개의 탭으로 구분된 파일(FileA.tsv 및 FileB.tsv)이 있습니다. 파일A.tsv ID 제도법 원 열이 몇개야... 길이 196-0 196 0 ---- 12874 195-1 195 1 ---- 12874 56-0 56 0 ---- 3349 115-1 115 1 ---- 5297 파일 A에는 수백 개의 행과 12개의 열이 있지만 여기에 모두 설명되어 있지는 않습니다. 2와 3의 각 값은 고유하지 않지만 특정 조합은 고유합니다. 따라서 event_id는 2와...
여러 개의 큰 .csv 파일이 있는데 이 파일을 이진(1과 0) 형식으로 변환하고 싶습니다. 처음 두 필드를 제외하고 텍스트가 포함된 모든 셀은 1이 되고 0은 0으로 유지됩니다. head Test.csv Iss1,1,0,0,Hsapiens-I34,0,0,0,Mmusculus-H01,0,0 Iss1,11,0,Scerevisiae-U09,Hsapiens-I05,0,0,0,0,0,0 Iss1,21,0,0,Hsapiens-I05,0,0,0,Hsapiens-I31,0,0 Iss1,31,0,0,Mmusculu...
저는 samtools를 사용하여 bam 파일을 좌표별로 정렬합니다. 이 명령을 실행하면 많은 수의 파일이 생성됩니다. 다음 명령을 실행했지만 samtools sort -o sorted.bam genomic_dataset.bam 다음과 같은 결과가 나타납니다. [bam_sort_core] 1022개 파일 병합 중... 열기: 파일이 너무 많이 열려 있습니다. 검색해보니 열려 있는 파일 수에 제한이 있는 것으로 나타났습니다. 출력은 ulimit -n1024입니다. 데이터 세트는 약 560GB이고 ...
데이터를 처리 중이에요이 모호한 파일 형식: SNP A1 A2 F1 I1 F2 I2 F3 I3 rs0001 A C 0.02 0.00 1.99 (처음 세 필드 주위의 공백에 유의하세요) 제목이 매우 길어서(500,000개 항목) 다음과 같이 변환하고 싶습니다. SNP A1 A2 F1_I1 F2_I2 F3_I3 rs0001 A C 0.02 0.00 1.99 ...불규칙한 공백을 제거하거나 제거하지 않고 사용하기가 더 쉽습니다. 참고로, 일관성이 있는 한 ...
편집: 블록 인용 텍스트를 추가했습니다. acc.paired.txt조명 샘플 이름( )이 포함된 탭으로 구분된 텍스트 파일( )이 있습니다 head. SRR10598163_R1.fastq.gz SRR8916417_R2.fastq.gz SRR10598049_R1.fastq.gz SRR10598163_R2.fastq.gz SRR8916418_R1.fastq.gz SRR10598049_R2.fastq.gz SRR10598164_R1.fastq.gz SRR8916418_R2.fastq.gz SRR1...
일부 파일이 있고 .vcf일부 변형을 필터링하고 싶습니다. 이것은 내 파일의 작은 부분일 뿐입니다. 파일 시작 부분(##으로 시작)에 몇 개의 헤더 줄이 있고 그 다음에는 변형(각 변형에 대해 한 줄)이 있습니다. ##fileformat=VCFv4.2 ##source=combiSV-v2.2 ##fileDate=Mon May 8 11:32:53 2023 ##contig=<ID=chrM,length=16571> ##contig=<ID=chr1,length=249250621> ...
나는 chr(열 2)과 위치(열 3)를 기준으로 낮은 것부터 높은 것 순으로 유전자 파일을 정렬하려고 합니다. 내 테이블은 큰 파일에서 다음과 같습니다. SNP CHR BP A1 A2 effect_allele_frequency BETA standard_error P rs10875231 1 100000012 T G 0.405 -0.0456807 0.02260471 0.04335677 rs6678176 1 100000827 C T 0.383 0.0...
여러 fasta 형식의 입력이 있습니다. 기본적으로: >header1 AAAAAATTTTCCCCGGGG AAAATGTGTGTCTCTCTC ATAGGATGAGT >header2 GGGGTGTGTGATGTAGTA AAAATGTGTGTCTCTCTC ATAGGATGAGT .... >header720 GGGGTGCTCGCTCTGTGA AAAATGAGTCATCATTGT ATAGGATGAGT 다음 형식으로 항목 #28을 복구하고 싶습니다. >header28 GGGGTGCTCGCTCTGTGA...
sed와일드카드 표현식이 포함된 명령을 사용하여 TSV 파일에 문자를 삽입하고 싶습니다 . 다음과 같은 파일이 있습니다. Marker Pvalue Trait Chr Pos S3_16887238 6.172847e-09 Total_Soil_S 3 16887238 S3_16887238 6.172847e-09 Total_Soil_Pa 3 16887238 S3_16887238 6.172847e-09 Total_Soil_Cl 3 16887238 _All세 번째 열...