sed 명령은 패턴을 따르는 줄의 단어를 바꾸는 데 사용됩니다.

Question 1

나는 귀하의 예가 좋지 않다고 생각하며 실제로 다음과 같은 파일을 사용하여 프로그래밍 방식으로 변환하는 대신 유전자 ID를 유전자 이름에 매핑해야 합니다.

$ cat ids2names
gene_A when
gene_B chapmen
gene_C billies

그렇다면 awk를 사용하여 다음을 수행할 수 있습니다.

$ awk -F'[: ]' 'NR==FNR{map[$1]=$2; next} {print map[$1], $3}' ids2names file
when CTCTTTCTTTTACGCCT
when CTCTTTCTTTTACGCCT
when CTCTTTCTTTTACGCCT
chapmen CTCTTTCTTTTACGCCT
chapmen CTCTTTCTTTTACGCCT
billies CTCTTTCTTTTACGCCT

그렇지 않고 유전자 이름이 실제로 _제거된 예에서와 같이 유전자 ID일 경우...

아무 sed나 사용하세요:

$ sed 's/_\([^:]*\)[^ ]*/\1/' file
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneC CTCTTTCTTTTACGCCT

아니면 어떤 이상한 :

$ awk -F'[_: ]' '{print $1 $2, $4}' file
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneC CTCTTTCTTTTACGCCT

입력의 공백이 항상 단일 공백이 아닌 경우 -F'[: ]'awk 스크립트의 OR -F'[:[:blank:]]+'(있는 경우 그대로 두기) 및 sed 스크립트의 OR로 변경합니다.-F'[: \t]+'_[^ ][^[:blank:]][^ \t]

단 차멘 벨기에

Answer

나는 귀하의 예가 좋지 않다고 생각하며 실제로 다음과 같은 파일을 사용하여 프로그래밍 방식으로 변환하는 대신 유전자 ID를 유전자 이름에 매핑해야 합니다.

$ cat ids2names
gene_A when
gene_B chapmen
gene_C billies

그렇다면 awk를 사용하여 다음을 수행할 수 있습니다.

$ awk -F'[: ]' 'NR==FNR{map[$1]=$2; next} {print map[$1], $3}' ids2names file
when CTCTTTCTTTTACGCCT
when CTCTTTCTTTTACGCCT
when CTCTTTCTTTTACGCCT
chapmen CTCTTTCTTTTACGCCT
chapmen CTCTTTCTTTTACGCCT
billies CTCTTTCTTTTACGCCT

그렇지 않고 유전자 이름이 실제로 _제거된 예에서와 같이 유전자 ID일 경우...

아무 sed나 사용하세요:

$ sed 's/_\([^:]*\)[^ ]*/\1/' file
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneC CTCTTTCTTTTACGCCT

아니면 어떤 이상한 :

$ awk -F'[_: ]' '{print $1 $2, $4}' file
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneA CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneB CTCTTTCTTTTACGCCT
geneC CTCTTTCTTTTACGCCT

입력의 공백이 항상 단일 공백이 아닌 경우 -F'[: ]'awk 스크립트의 OR -F'[:[:blank:]]+'(있는 경우 그대로 두기) 및 sed 스크립트의 OR로 변경합니다.-F'[: \t]+'_[^ ][^[:blank:]][^ \t]

단 차멘 벨기에

Question 2

사용행복하다(이전 Perl_6)

~$ raku -pe 's/^  \w+  <( \: <[0..9-]>+  //;'   file 

#OR

~$ raku -pe 's/^ (\w+)    \: <[0..9-]>+ /$0/;'  file

위 내용은 Perl 계열의 프로그래밍 언어인 Raku로 작성된 답변입니다. 이 두 가지 답변은 Raku의 sed와 유사한 자동 인쇄 프로그레시브 플래그를 사용합니다 (Raku의 awk와 같은 비자동 인쇄 프로그레시브 플래그를 -pe사용하는 다른 답변을 상상할 수 있습니다 ).-ne

즉, ^문자열의 시작(줄), \w+하나 이상의 숫자 또는 밑줄, 콜론 , 아라비아 숫자와 하이픈 으로 구성된 사용자 정의 문자 클래스가 \:뒤따르는 것을 감지합니다. (유니코드 숫자를 포함하려면 대신 사용하세요).<[0..9-]>+-<+ :N + [-]>+

입력 예:

gene_A:3342234 CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_A:1244-5205 CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_A:1838438 CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_B:1848584 CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_B:1029-4920 CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_C:3849029 CTCTTTCTTTTACGCCT

샘플 출력(두 가지 코드 예):

gene_A CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_A CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_A CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_B CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_B CTCTTTCTTTTACGCCT
gene_C CTCTTTCTTTTACGCCT

각 답변에 대한 설명:

Raku의 <(캡처 플래그는 콜론 이전의 일치 항목을 제거하는 데 사용됩니다(캡처 플래그는 단독으로 작동하지만 함께 사용할 수 있음 <(및/또는). )>나머지 캡처는 대체된 절반에서 "대체되지 않음", 즉 삭제됩니다.
Raku의 (... )숫자 캡처 괄호는 유전자 이름을 캡처하는 데 사용되며 본질적으로 나중에 일치하는 항목을 삭제합니다. 그런 다음 현재 캐치는 $0교체 하프에 배치됩니다. 즉, 경기의 나머지 부분이 제거됩니다.

참고: 정말로 "잡아서 수정"(예: 유전자 이름에서 밑줄 제거)이 필요한 경우 Raku를 사용하면 대체된 절반에서 코드를 실행할 수 있습니다. 다음은 trans모든 밑줄을 빈 문자열(즉, 아무것도 없음)로 변환하고 밑줄이 제거된 유전자 이름을 반환합니다.

~$ raku -pe 's/^ (\w+) \: <[0..9-]>+ /{$0.trans("_" => "")}/;'  file

#OR (more simply)

~$ raku -pe 's/^ (\w+) \: <[0..9-]>+ /$0.trans("_" => "")/;'  file

https://docs.raku.org/언어/regexes
https://raku.org

Answer