저는 samtools를 사용하여 bam 파일을 좌표별로 정렬합니다. 이 명령을 실행하면 많은 수의 파일이 생성됩니다. 다음 명령을 실행했지만
samtools sort -o sorted.bam genomic_dataset.bam
다음과 같은 결과가 나타납니다.
[bam_sort_core] 1022개 파일 병합 중... 열기: 파일이 너무 많이 열려 있습니다.
검색해보니 열려 있는 파일 수에 제한이 있는 것으로 나타났습니다. 출력은 ulimit -n1024입니다. 데이터 세트는 약 560GB이고 실행 시간은 약 15시간입니다. 따라서 정렬할 때 많은 수의 파일을 생성해야 합니다. 내 질문에 관해서, 이 제한을 어떻게 없앨 수 있습니까? 나는 원격 Linux 서버입니다