GROMACS(소프트웨어 패키지)를 사용하여 분자 역학을 수행할 때 사용자에게 일련의 대화형 질문이 표시됩니다. 일부 대화형 문제를 피하기 위해 값을 함수에 매개변수로 전달할 수 있다는 것을 알고 있지만 나머지 함수에 대해서는 (값을 미리 전달할 수 있도록) 적합한 매개변수를 찾을 수 없습니다. 그래서 나는 bash가 우리를 대신하여 응답하기 위해 코드 조각을 사용하도록 할 수 있는지 궁금했습니다. 예를 들어보겠습니다
우리가 코드를 실행할 때
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
우리는 일련의 옵션을 얻습니다
Select a continuous group of solvent molecules
Group 0 ( System) has 14020 elements
Group 1 ( Protein) has 1095 elements
Group 2 ( Protein-H) has 548 elements
Group 3 ( C-alpha) has 71 elements
Group 4 ( Backbone) has 213 elements
Group 5 ( MainChain) has 283 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 346 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 354 elements
Group 8 ( SideChain) has 741 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 265 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 1095 elements
Group 11 ( non-Protein) has 12925 elements
Group 12 ( Other) has 49 elements
Group 13 ( LIG) has 49 elements
Group 14 ( Water) has 12876 elements
Group 15 ( SOL) has 12876 elements
Group 16 ( non-Water) has 1144 elements
Select a group:
값 15를 수동으로 입력해야 합니다. 자동으로 15를 입력할 수 있나요? 이 질문에는 두 부분이 있습니다. 먼저 대화형 쿼리의 "SOL"이 무엇인지 이해한 다음 적절한 숫자(예: 15)를 입력합니다. 그러나 거의 항상 해당 값 "15"가 전달됩니다. 따라서 일반적인 솔루션은 값을 전달하는 것만으로도 잘 작동합니다.