다음 명령을 사용하여 SGE(Sun Grid Engine)에 일괄 작업 제출을 실행 중입니다.파이썬 drmaa 바인딩. 일괄 작업 제출의 경우 매개 변수를 허용하고 shebang을 통해 명령줄에서 실행 가능한 Python 스크립트를 제출합니다. 작업 배치 제출을 적절하게 매개변수화하기 위해 options 를 통해 Python 스크립트에 전파되도록 환경 변수를 설정했습니다 -v. 작업 제출 중에 내보낸 SGE/환경 변수를 기반으로 $TASK_IDzsh 환경에서 간접 변수 확장을 수행 하려고 합니다.$S...
각각 12개의 물리적 코어를 갖춘 두 대의 컴퓨터가 있습니다. 컴퓨터 A는 작업을 수락하고 이를 A와 B에 할당해야 합니다. 컴퓨터 A와 B를 설정하고 싶습니다. A는 SSH를 통해 작업을 수락하고 이를 A와 B에 (다소 지능적으로) 배포합니다. 가능하다면 "개인적 요구"에 따라 각 시스템에서 4개의 코어를 차단하고 싶습니다. 작업은 Python 스크립트 또는 C++로 작성된 실행 파일이어야 합니다(mpi 코드가 포함될 수 있음). 나는 slurm과 Sun Grid Engine에 대해 읽었지만 이...
qsub로그인 노드를 사용한 후 대학 클러스터에 Matlab 작업을 제출하고 있습니다 ssh. 작업에 메모리가 부족합니다. 문제를 해결하기 위해 제가 받은 조언은 다음과 같습니다."가능한 해결책은 더 큰 시스템에서 실행하거나 더 많은 RAM을 구입하는 것입니다.". 이것이 내 bash 파일에 실제로 무엇을 의미합니까? bash 파일의 어떤 라인이 머신이나 RAM의 크기를 제어합니까? 현재 내 bash 파일(아래 참조)에 vmem이에 tmem대한 RAM이 있습니까? #$ -S /bin/bash #$ -...
qsub우리 대학의 HPC를 사용하여 다음 어레이 작업을 수행하고 싶습니다.삼일. 각 작업은 여러 요소를 활용하는 솔버(MOSEK)를 사용하는 Matlab 코드를 실행합니다.실최적화 문제를 해결하기 위해. 매개변수는 솔버가 사용할 스레드 수를 제어합니다. 허용되는 최대 스레드 수는 코어 수를 초과할 수 없습니다. 솔버가 사용하기를 원한다고 가정해 보겠습니다.스레드 4개. 따라서 최소 4개의 여유 코어가 있는 시스템에 각 작업을 할당해야 합니다. Bash 파일에서 어떻게 요청하나요? 메모리 사용량을 어...
나는 bash 스크립트를 사용하여 그리드 엔진에 작업을 제출하고 있습니다. 스케줄러가 할당한 작업 ID를 스크립트에 알릴 수 있는 방법이 있습니까? ...
여러 소켓이 있는 컴퓨팅 노드에서 실행 중인 각 작업은 시작 시 슬롯 ID가 명시적으로 할당되며, 그렇다면 사용자 또는 제출 스크립트는 이를 어떻게 확인합니까? 작업 ID를 보려면 $JOB_ID제출 스크립트에서 환경 변수를 사용할 수 있습니다. 슬롯 번호는 어떻습니까? 슬롯 정보 찾기를 사용 qstat -j <job number>하지만 작업에 대한 정보에는 작업이 사용 중인 슬롯에 대한 정보가 포함되어 있지 않습니다. 슬롯 번호와 관련된 정수 변수를 갖고 싶습니다. 편집: 일반적으로 ...
저는 헤드 노드 1개(ilmn-qm.ilmn)와 컴퓨팅 노드 2개(compute-00-00 및 Compute-00-01이라고도 함) 등 3개의 시스템이 있는 그리드에서 RED HAT 5.9 OS를 사용하고 있습니다. 문제는 두 컴퓨팅 노드 장치 모두에서 SSH를 사용할 수 없다는 것입니다. 나는 시도했다: 1) SSH FROM 및 TO 헤드 노드가 정상적으로 작동합니다. 2) 헤드 노드에서 컴퓨팅 노드까지의 SSH가 유효합니다. 3) 반대로, 컴퓨팅 노드에서 헤드 노드로의 SSH도 작동합니다...
클러스터와 유사한 것에서 많은 계산을 수행해야 하는데 하드웨어와 OS는 동일하지만(OS는 우분투) 중앙 관리 소프트웨어나 그리드 엔진이 설치되어 있지 않습니다. 웹 검색 결과는 대부분 오래되었거나 독점 소프트웨어에 대한 것입니다. 내 질문이 너무 일반적인 것이 아니기를 바랍니다. 하지만 데비안과 그 파생 제품에 대한 클러스터 관리 및 작업 일정 옵션은 무엇입니까? 클러스터의 일반적인 관리에는 cssh를 사용하지만 이 방법은 작업 예약 및 모니터링에 그리 효율적이지 않습니다. 나는 오랫동안 확립된 ...
병렬화를 위해 MPI를 사용하는 프로그램이 있습니다. 실제로는 여러 코어에서만 성공적으로 실행될 수 있지만 (CentOS 6.6) 기반 HPC 그리드의 여러 노드에서 실행될 수 있다고 생각합니다.동일한 컴퓨팅 노드의. 예를 들어, qsub그리드에서 20개의 코어를 요청하고 그리드 엔진이 이를 두 개의 다른 노드로 분할하기로 결정하면 프로그램이 실패합니다. 그러나 사용 가능한 코어가 20개인 노드가 있고 그리드 엔진이 코어를 모두 해당 노드로 보내는 경우 프로그램은 성공적으로 실행됩니다. qsub 스...
HPC 클러스터에서 의 qstat 명령을 자주 gridengine사용하지만 클러스터에서 실행 중인 작업이 많기 때문에 출력이 너무 길어서 화면에 다 표시되지 않아서 화면의 위쪽 절반을 보려고 스크롤을 많이 하게 됩니다. 산출. 내 터미널에는 두 개의 열을 위한 충분한 공간이 있으므로 출력이 열로 흐르고 나란히 표시될 수 있다면 좋을 것입니다. 간단한 데이터 파일을 사용한 예: 분명히 이것은 모든 화면 출력에 공통적이어야 하므로 다음은 더 간단한 예입니다. 내 파일에는 data1.txt100줄이 포...
Linux 클러스터에서 Grid Engine을 사용하고 있습니다. 저는 다양한 프로그램과 다양한 입력 파일을 사용하여 많은 작업을 실행하고 있습니다. 각 프로그램 및 입력 파일 쌍에 대해 여러 개의 특정 작업 스크립트를 만들고 싶지 않습니다. 대신 프로그램 이름과 입력 파일만 지정할 수 있기를 원합니다 qsub. 그러므로 나는 사용할 수 있습니다qsub job.sh <programNameAndLocation> <inputFileName> 두 개의 매개변수가 필요 job.sh합...
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여러 작업을 제출하기 위해 bash 스크립트를 실행하고 있습니다. 작업은 아직 실행되지 않은 경우에만 제출됩니다. bash 스크립트에서 if 문을 사용하여 "job123"이 이미 실행 중인지 또는 대기열에 있는지 간단히 확인하고 싶습니다. qstat 및 qstatus에 대해 다른 옵션을 시도했지만 작업 이름으로 확인할 수 없는 것 같습니다. 이 정보를 검색하는 방법은 무엇입니까? 또한 이러한 출력은 단지 문자열일 뿐이므로 grep을 사용해 본 적도 없지만 특정 명령이 있어야 한다고 생각합니다. ...
여러 파일에 대해 특정 작업을 수행하기 위해 작업 배열 스크립트를 만들려고 합니다. 시작할 수 있는 fastq 파일이 2개만 있다고 가정해 보겠습니다. 이름: abc.fastq, def.fastq #!/bin/bash file=$(ls -1 *.fastq | tail -n +${SGE_TASK_ID}| head -1) filename=${file%.fastq} awk 'NR % 2 == 0{print substr($1,7,100)};NR % 2 ==1' $file > $...
원격으로 프로그램을 컴파일하고 실행하려고 합니다. 그러나 나는 이 작업을 화면에서 수행하고 싶고 SSH 이후에 그리드 엔진을 사용하여 다른 노드에서 이를 실행하고 싶습니다. 현재 나는 다음을 가지고 있습니다: ssh me@server screen -R session 'qlogin; cd path; mvn options program' 기본적으로 작동하지만 터미널에 연결해야 한다는 메시지가 나타납니다. 이 기사를 읽고 ssh에 -t 옵션을 추가했습니다. 이로 인해 내 명령이 중단됩니다. SSH를 ...
다음을 통해 학교 서버(HPC)에 작업을 제출하려고 합니다. #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -cwd #$ -o ./out_$JOB_ID.txt #$ -e ./err_$JOB_ID.txt #$ -notify #$ -pe orte 1 date pwd ################################## RESULT_DIR=~/Results SCRIPT_FILE=sample_job ################################## . /etc/pro...