SGE에 작업 배열 스크립트 제출

SGE에 작업 배열 스크립트 제출

여러 파일에 대해 특정 작업을 수행하기 위해 작업 배열 스크립트를 만들려고 합니다. 시작할 수 있는 fastq 파일이 2개만 있다고 가정해 보겠습니다. 이름: abc.fastq, def.fastq

#!/bin/bash

    file=$(ls -1 *.fastq | tail -n +${SGE_TASK_ID}| head -1)
    filename=${file%.fastq}
    awk 'NR % 2 == 0{print substr($1,7,100)};NR % 2 ==1' $file > ${filename}_BR.fastq

제가 제출한 스크립트는 다음과 같습니다.

qsub -t 1-2:1 -cwd -j y -N array_job ./jobarray.sh

그러나 abc.fastq라는 1개의 파일만 처리되었습니다. def.fastq 파일은 어떻게 되었나요? 2개의 작업에 -t 매개변수를 제공하고 스크립트에서 SGE_TASK_ID를 선언했습니다.

곧 연락을 기다리겠습니다.

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