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bash는 특정 파일 확장자의 폴더에 하위 디렉토리를 생성합니다.

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bash는 특정 파일 확장자의 폴더에 하위 디렉토리를 생성합니다.

아래에서는 bash특정 확장자를 가진 파일의 디렉터리 내에 하위 디렉터리를 만들려고 합니다 .bam. 파일이 .bam잘려지고 결과는 $RDIR원본 파일 위치 또는 한 수준 위의 폴더 이름에 저장됩니다. 여러 개의 파일이 있을 수 있지만 .bam항상 동일한 형식을 갖습니다. 저도 댓글을 남겼습니다. 감사해요:).

세게 때리다

DIR=/home/cmccabe/Desktop/folder   ## define data directory path
cd "$DIR" || exit 1  # check directory exists or exit
for RDIR in R_2019* ; do  ## start processing matching "R_2019*" to operate on desired directory and expand
 cd "$RDIR"/BAM   ## change directory to subfolder inside $RDIR
  bam=$(find . -type f -name "*.bam")   # extract .bam
  sample="$(echo $bam|cut -d_ -f3-)" # remove before second underscore
  mkdir -p "${sample%.*}" && mv "$sample" "RDIR"/"${x%.*}"  ## make directory of sample id one level up
done  ## close loop

구조 /home/cmccabe/Desktop/folder --- $DIR입니다 ---

R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx-0000-00  --- this is $RDIR ---
     BAM   ---subdirectory---
       IonCode_0241_19-0000-Last-First.bam.bai
       IonCode_0241_19-0000-Last-First.bam
       IonCode_0243_19-0001-Las-Fir.bam.bai
       IonCode_0243_19-0001-Las-Fir.bam
     QC    ---subdirectory---

스크립트 구조 다음 /home/cmccabe/Desktop/folder --- $DIR입니다.---

R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx-0000-00  --- this is $RDIR ---
     BAM                  ---subdirectory---
     19-0000-Last-First   ---subdirectory---
     19-0001-Las-Fir      ---subdirectory---
     QC                   ---subdirectory---

세트-x

bash: cd: R_2019*/BAM: No such file or directory
++ find . -type f -name '*.bam'
+ bam=
++ echo
++ cut -d_ -f3-
+ sample=
+ mkdir -p ''
mkdir: cannot create directory ‘’: No such file or directory

답변1

다음 줄에 문제가 있는 것 같습니다.

 bam=$(find . -type f -name "*.bam")   # extract .bam
 sample="$(echo $bam|cut -d_ -f3-)" # remove before second underscore

개정하다:

이는 한 줄로 달성할 수 있습니다.

i=$(find . -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f3-;done| cut -f 1 -d '.') ## To take the file names and then cut.

그런 다음 for 루프를 추가하여 디렉터리를 만듭니다.

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done

최종 스크립트:

DIR=/home/vvek/MyLearning/Linux/bam/   ## define data directory path
cd "$DIR" || exit 1  # check directory exists or exit
for RDIR in R_2019* ; do  ## start processing matching "R_2019*" to operate on desired directory and expand
 cd "$RDIR"/BAM   ## change directory to subfolder inside $RDIR
i=$(find . -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f2-;done| cut -f 1 -d '.')  # extract .bam

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done
done  ## close loop

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