루프를 작성 for하고 병렬화했으며 &작업을 한 번에 실행할 수 있도록 임계값을 제한했습니다. 3아래는 내 스크립트입니다. 나는 명령으로 보존 32 cores하고 256 GB기억한다 BSUB. sample_pipe루프 내에서 실행하려면 코어와 메모리가 필요합니다 .for32256 GB 일부 작업에서 메모리 오류 오류가 발생합니다. 32코어만 유지하고 작업을 한 번만 실행 256 GB하려고 하는 것 같은데 , 이로 인해 일부 작업에서는 메모리 오류 오류가 발생할 수 있습니다.3 3내 질문은 모든...
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스케줄러(예: LSF, Slurm 등)가 장착된 고성능 Linux 클러스터에 액세스할 수 있다고 가정하면 이를 통해 최대중간 사이즈작업은 언제든지 실행 중이거나 일시 중지되며 대부분의 경우엘 < 중간 사이즈동시에 실행할 수 있습니다. 이제 내가 달리고 싶다고 가정해 봅시다.질소가능한 한 빨리 독립적으로 주문을 발행하십시오. 만약에질소 ≤ 중간 사이즈, 각 명령을 별도의 작업으로 스케줄러에 제출한 다음 완료할 수 있습니다. 하지만 만약에질소 >&n...
매일 저는 컴퓨터와 관련된 내용에 대한 Wikipedia 기사를 하나 이상 접합니다. 제가 평생 컴퓨터를 기술적이고 심층적인 수준에서 다루며 자라면서 게임이나 게임을 한 번도 하지 않았다면 논리적으로 이해가 될 것입니다. "소비자" 방식으로 사용합니다. 그러나 나는 몇 가지 비밀스러운 넌센스에 대한 다음 Wikipedia 기사 중 하나를 보았고 그것이 무엇을 말하고 있는지 전혀 모릅니다. 그것은 단지 다른 행성이 아니라 완전히 다른 우주에서 다른 외계인이 쓴 텍스트를 읽는 것과 같습니다. https:...
그래서 이것은 매우 이상한 질문입니다. 특정 조건에 따라 subprocess.call을 통해 많은 bash 명령을 호출하는 Python 스크립트가 있습니다. 이제 스크립트는 수동으로 잘 실행되지만 cronjob에 넣으면 실패하지만 코드의 특정 부분에 도달할 때만 실패합니다. 코드의 이 부분은 bstat사용자에 대해 및 명령을 실행합니다. bkill두 명령 모두에 대해 subprocess.call, subprocess.Popen, subprocess.check_output을 사용해 보았지만 도달할 때마...
LSF 명령을 사용할 때 bjobs다른 작업을 제출하면 동일한 명령을 반복해서 실행하면 스트레스를 받기 때문에 출력이 즉시 변경되기를 원합니다. top프로세스 목록 등의 출력을 새로 고치고 싶습니다 . 필요하지 않은 경우 top자동으로 계속해서 새로 고쳐집니다 . bjobs명령 출력을 자동으로 새로 고치고 싶습니다 . ...
채용 정보를 수집하는 스크립트를 작성 중입니다. bsub -W로 지정된 각 보류 작업에 대한 벽 시간 제한을 가져오기 위해 bjobs를 사용하고 싶습니다. 다음을 사용하여 CPU 수와 같은 정보를 얻을 수 있습니다. bjobs -u all -p -o 'jobid user min_req_proc' 하지만 시간을 보낼 만한 키워드를 찾을 수 없습니다. 그런 방법이 있나요? 이제 해당 정보를 얻으려면 각 작업에 대해 bjobs -l을 실행해야 하는데 이는 매우 느립니다. ...
LSF 대기열이 있는데 대기열 A라고 가정해 보겠습니다. 다른 대기열의 작업이 아닌 대기열 A의 우선순위가 낮은 작업을 선점하기 위해 대기열 A의 우선순위가 높은 작업만 원합니다. 큐 A를 선점형으로 설정한 경우 큐 A만 선점형으로 설정할 수 있나요? 아니면 이것이 허용되지 않는다면 내 목표는 무엇을 달성하게 될까요? ...
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안녕하세요, 이것은 매우 기본적인 질문인 것 같습니다. "bsub"를 사용할 때 "파이핑"을 수행하기 위한 특정 구문이 있습니까? 제가 이런 문제에 직면했을 때 이렇게 묻습니다. # try to run the same command successfully ran in another host bsub fastx_trimmer -Q33 -f 1 -l 230 -i myfile.fastq | fastq_quality_trimmer -Q33 -t 18 -l 20 -o Trimmed_file.fastq &...
현재 플랫폼 LSF를 활용하여 작업 실행을 관리하는 몇 가지 셸 스크립트가 있습니다. 이러한 스크립트는 결국 다른 작업 스케줄러를 사용하여 환경으로 마이그레이션됩니다. 마이그레이션 단계에서 이상적인 상황은 두 환경 모두에서 동일한 스크립트를 사용하여 작업 일정을 지원하는 것입니다. 따라서 LSF 환경의 존재를 감지하면 LSF 관련 지침을 사용하고, 그렇지 않으면 다른 환경과 관련된 명령을 사용합니다. 나는 몇 가지 가능한 해결책을 생각해 보았습니다. LSF 특정 환경 변수 확인 예를 들어 ...
lsf에서 많은 bjob이 실행되고 있으며 작업에는 RUN과 PEND라는 두 가지 상태가 있습니다. PEND 상태에 있는 모든 bjob을 종료하고 싶습니다. 스크립트를 사용하여 이 작업을 어떻게 수행할 수 있습니까? 내 생각에 하드코딩된 접근 방식은 파일에 저장한 다음 각 줄을 구문 분석하여 상태와 키를 얻는 것입니다. STAT가 PEND이면 키가 에 전달됩니다 bkill $key. 하지만 이것은 매우 복잡합니다. 이 작업을 직접 수행하거나 하드코딩되지 않은 방식으로 특정 상태나 이름을 가진 작업을 ...
LSF리소스 관리자/작업 스케줄러로 사용되는 컴퓨터 클러스터에서 작업을 실행할 수 있는 기간을 지정하는 올바른 방법은 무엇입니까? LSF는 컴퓨팅 클러스터에서 리소스를 할당하고 사용자가 제출한 작업이 언제 어떻게 실행되어야 하는지 결정하는 데 사용되는 작업 스케줄러입니다. 기반으로IBM의 지식 기반, 5일이 필요한 경우 다음을 수행할 수 있나요? busb -We 120:00 ...
명령을 통해 LSF 작업 수를 모니터링하고 싶습니다 prompt. %jLSF 작업 번호를 알려주지 않습니다. 누구든지 LSF 작업 수를 표시하도록 명령 프롬프트를 구성하는 방법을 말해 줄 수 있습니까? ...
현재 Platform LSF의 bsub 작업 제출 시스템을 사용하고 있습니다. 작업 스크립트를 제출해야 하는데 작업 스크립트에 매개변수를 전달하는 데 문제가 있습니다. 나에게 필요한 것은 다음과 같습니다. 작업 스크립트는 하나의 명령줄 인수가 있는 bash 스크립트입니다. 스크립트에 인수를 전달한 다음 bsub에 대한 입력으로 사용할 스크립트를 리디렉션해야 합니다. 문제는 해당 매개변수가 스크립트에 적용되지 않는다는 것입니다. 나는 시도했다:bsub < script.bsub 1 script...
HPC 클러스터에서 작업을 실행하는 대신 우분투 노트북에서 작업을 실행하는 데 약간 이상한 문제가 있습니다. 내가 이렇게 하고 싶은 이유는 이제 6개의 코어와 12개의 스레드가 있기 때문입니다. 저는 예전 대학의 HPC 클러스터에서 작업을 실행하곤 했습니다. 나는 무엇을하고 있는가, 1) HPC 클러스터에 연결하고 실행 파일이 있는 위치로 이동합니다.wave_func.out lsf에 작업 제출 삼)bsub -q linux22 -i ./w1.in -o ./w1.out ./wave_func.ou...