☰

차원(nxn)의 행렬을 행*열 조합의 행렬로 변환

tag-icon • tag-icon ubuntu bioinformatics
차원(nxn)의 행렬을 행*열 조합의 행렬로 변환

나는 이것이 그것을 더 잘 설명한다고 생각합니다.

다음과 같은 행렬 구조(파일)가 있습니다.

파일 1 

____   snp1  snp2   snp3   snp4
snp1    1     0.3   0.4    0.5
snp2    0.3     1   0.4    0.5
snp3    0.4   0.4     1    0.5
snp4    0.5   0.5   0.5      1

나는 이것을 바꾸고 싶다파일 1입력하다파일 2:

snp1 snp1   1
snp1 snp2   0.3 
snp1 snp3   0.4 
snp1 snp4   0.5
snp2 snp2   1 
snp2 snp3   0.4
snp2 snp4   0.5
snp3 snp3   1
snp3 snp4   0.5
snp4 snp4   1

제가 이해할 수 있기를 바라지만, 어떤 다른 형식으로 질문해야 할지 모르겠습니다. 내 실제 파일에서는 파일이 file1보다 큽니다.

감사해요.

답변1

원하는 출력에 따라 상부 삼각함수 값만 인쇄합니다.

awk '
  NR==1 {
    split($0,hdr," "); next
  } 
  {
    for (i=NR;i<=NF;i++) {print $1 FS hdr[i] FS $i}
  }
' file
snp1 snp1 1
snp1 snp2 0.3
snp1 snp3 0.4
snp1 snp4 0.5
snp2 snp2 1
snp2 snp3 0.4
snp2 snp4 0.5
snp3 snp3 1
snp3 snp4 0.5
snp4 snp4 1

또는 동등하게 Perl을 사용하여

perl -alne '
  if ($. == 1) {
    @hdr = @F;
  } else {
    for $i ($.-1 .. $#F) {
      print join " ", $F[0], $hdr[$i], @F[$i];
    }
  }' file

위쪽 삼각형뿐만 아니라 전체 행렬을 원한다면 루프의 시작 인덱스를 수정하여 (awk 버전에서)를 또는 (perl 버전에서) for로 바꾸십시오.NR2$.-11

답변2

고쳐 쓰다

이제 제한이 없습니다.

#!/bin/bash

INPUT=File1
declare -a fields

fields=( $(head -n1 "$INPUT") )

i=0
while read -r line; do
    values=( $line )
    for ((j=++i; j<${#values[@]}; j++)); do
        echo -e "${fields[$i]}" "${fields[$j]}"'\t'"${values[$j]}"
    done
done < <( tail -n+2 "$INPUT")

답변3

이것은 사용하기 쉬워야 합니다 awk.

$ awk -f script.awk file1.txt
snp1 snp1 1
snp1 snp2 0.3
snp1 snp3 0.4
snp1 snp4 0.5
snp2 snp1 0.3
snp2 snp2 1
snp2 snp3 0.4
snp2 snp4 0.5
snp3 snp1 0.4
snp3 snp2 0.4
snp3 snp3 1
snp3 snp4 0.5
snp4 snp1 0.5
snp4 snp2 0.5
snp4 snp3 0.5
snp4 snp4 1

콘텐츠 script.awk. 첫 번째 줄을 건너뛰고 필요에 따라 나머지 부분의 형식을 지정합니다.

$ cat script.awk
{
if (NR == 1) next;
print $1" snp1 "$2;
print $1" snp2 "$3;
print $1" snp3 "$4;
print $1" snp4 "$5;
}

콘텐츠file1.txt

$ cat test.txt 
____   snp1  snp2   snp3   snp4
snp1    1     0.3   0.4    0.5  
snp2    0.3     1   0.4    0.5
snp3    0.4   0.4     1    0.5 
snp4    0.5   0.5   0.5      1

아래와 같이 출력을 새 파일로 리디렉션할 수 있습니다.

awk -f script.awk file1.txt > file2.txt

관련 정보