Linux의 파일 계산 및 비교

Linux의 파일 계산 및 비교

두 파일의 줄 수를 비교하고 싶습니다. 아래는 파일 이름 목록입니다. 한 파일에는 fastq 파일의 이름/위치가 포함되어 있고, 다른 파일에는 bam 파일의 이름/위치가 포함되어 있습니다.

File1(fastq 파일로 구성)

/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq.gz

File2(bam 파일로 구성)

/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam

암호:

if [ "wc -l $File1" == "wc -l $File2" ] ; then
  echo "Bam files from File2 do exist for each sample"
else
  echo "Bam files do not exist for every sample"
fi

내 코드에는 몇 가지 버그가 있습니다. 왜냐하면 File1과 File2의 개수는 동일하게 유지되는 반면 다른 곳에서 "Bam 파일이 존재하지 않습니다"라는 메시지가 계속 표시되기 때문입니다.

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