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for 루프는 파일 이름의 시작과 끝을 모두 일치시킵니다.

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for 루프는 파일 이름의 시작과 끝을 모두 일치시킵니다.

파일 쌍에 대해 프로세스를 실행하기 위해 for 루프를 설정하려고 합니다. 파일 이름은 다음과 같습니다.

36_002_CGATGT_L001_R1_005.fastq.gz
36_002_CGATGT_L001_R2_005.fastq.gz

36_002_CGATGT_L001_R1_002.fastq.gz
36_002_CGATGT_L001_R2_002.fastq.gz

62_013_AGTCAA_L001_R1_003.fastq.gz
62_013_AGTCAA_L001_R2_003.fastq.gz

다음 명령에서 각 쌍을 사용해야 합니다.

sickle pe -f 36_002_CGATGT_L001_R1_005.fastq.gz \
 -r 36_002_CGATGT_L001_R2_005.fastq.gz\
 -o trimmed_36_002_CGATGT_L001_R1_005.fastq.gz\
 -p trimmed_36_002_CGATGT_L001_R2_005.fastq.gz\
 -s 36_002_CGATGT_L001_singles_005.fastq.gz

먼저 노력 중입니다.

for n in *R1*; do m='basename $n R2' ; echo $m; done

하지만 분명히 이 방법은 파일 이름의 앞부분과 끝 부분이 모두 중요하기 때문에 작동하지 않습니다. R1과 R2가 이름의 마지막 부분이 되도록 파일 이름을 바꿔야 합니까? 어색하겠지만 불가능하지는 않다

답변1

쉘이 ksh ${var/search/replace}스타일 매개변수 확장( ksh93, zsh, mksh, yash, bash)을 지원하는 경우:

for r1 in *R1*; do
  r2=${r1/R1/R2}
  singles=${r1/R1/singles}
  trimmed1=trimmed$r1
  trimmed2=trimmed$r2
  sickle pe -f "$r1" \
   -r "$r2" \
   -o "$trimmed1" \
   -p "$trimmed2" \
   -s "$singles"
done

POSIXly, 당신은 할 수 있습니다

 r2=${r1%%R1*}R2${r1#*R1}

답변2

내가 찾고 있는 것이 무엇인지 이해했다고 가정하면 다음을 사용하여 문제를 해결할 수 있습니다 awk.

#!/bin/bash
for file in *_R1_*; do 
    file=`basename $file`
    newFile=`echo $file | awk -F '_R1_' '{print $1}'`_R2_`echo $file | awk -F '_R1_' '{print $2}'`
    sName=`echo $file | awk -F '_R1_' '{print $1}'`_singles_`echo $file | awk -F '_R1_' '{print $2}'`
    echo $newFile
    rName="$newFile"
    oName="trimmed_$file"
    pName="$file"
done

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