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일치 및 불일치 그룹 수 계산 기준

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일치 및 불일치 그룹 수 계산 기준

다음 쉘 스크립트를 작성하는 데 도움을 주십시오. 샘플(col2)의 각 레인(col1)에서 일관된 변수의 수를 계산해야 합니다. 예를 들어, Lane1 변수 1(col4)의 모든 값은 세 샘플 모두의 샘플이므로, Variable1은 일관성 변수로 계산됩니다. 마찬가지로 레인 2의 변수 2와 3은 일치하지 않습니다.

lane1  sample1 variable1 ab
lane1  sample2 variable1 ab
lane1  sample3 variable1 ab   


lane1  sample1 variable2 cd
lane1  sample2 variable2 cd
lane1  sample3 variable2 cd

lane1  sample1 variable3 gh
lane1  sample2 variable3 ab
lane1  sample3 variable3 gh

lane2  sample1 variable1 ac
lane2  sample2 variable1 ac
lane2  sample3 variable1 ac


lane2  sample1 variable2 gt
lane2  sample2 variable2 gt
lane2  sample3 variable2 ac

lane2  sample1 variable3 ga
lane2  sample2 variable3 ga
lane2  sample3 variable3 ac

산출

세 표본 모두에서 일관성 있는 변수와 일관성 없는 변수의 수

      #Consistent #Inconsistent
lane1  2             1
lane2  1             2

답변1

펄 솔루션:

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use feature qw{ say };

my %values;
while (<>) {
    next if /^$/; # Skip empty lines
    my ($lane, $sample, $var, $val) = split;
    die "Duplicate $lane $sample $var\n" if $values{$lane}{$var}{$val}{$sample};
    $values{$lane}{$var}{$val}{$sample} = 1;
}

my %results;
for my $lane (keys %values) {
    for my $var (keys %{ $values{$lane} }) {
        my $count = keys %{ $values{$lane}{$var} };
        if (1 == $count) {
            ++$results{$lane}{consistent};
        } else {
            ++$results{$lane}{inconsistent};
        }
    }
    say join "\t", $lane, @{ $results{$lane} }{qw{ consistent inconsistent }};
}

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