로컬 설치 파일의 bed 파일 정보를 사용하여 fasta 시퀀스 검색

Question

이렇게 하면 필요한 작업이 수행됩니다.

for i in $(awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed); do grep -A 1 $i seqs.fa ; done

설명하다

awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed: .bed 파일의 각 줄에 대한 시작 및 끝 좌표와 함께 염색체를 인쇄합니다. $2+1파일의 좌표가 서로 다르기 때문에 주의하세요 .bed. 예를 들어 파일의 처음 세 줄은 다음과 같습니다.
```
$ awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed 
chr10_91061478_91062132
chr12_77456451_77457116
chr7_150754940_150755706
```
for i in $(command); do ...; donecommand: 이는 as가 반환한 각 값을 저장 $i한 다음 이를 사용하여 작업을 수행합니다.
grep -A 1 $i seqs.fa: 이것은 "것"입니다. awk명령의 각 결과를 파악 하고 일치하는 줄과 다음 줄( -A 1)을 인쇄합니다.

이 작업을 다시 수행해야 하는 경우 RSAT를 사용하지 마세요! ¹ 이 작업을 수행하는 더 쉬운 방법이 있습니다. 대신, 각 염색체에 대한 FASTA 시퀀스를 다운로드한 다음 패키지의 도구를 사용하십시오 exonerate(Debian을 통해 Debian 기반 시스템에 설치 가능 sudo apt-get install exonerate). 프로세스(각 염색체에 대해 이름이 지정된 FASTA 파일이 있다고 가정 chrN.fa):

awk '{print $1,$2,($3-$2)}' foo.bed | while read chr start length; do
    fastasubseq /path/to/$chr.fa $start $length >> subseqs.fa
done

위의 명령은 관심 있는 하위 서열을 추출하며(좌표가 항상 양극 가닥에 상대적이라고 가정) 몇 초 밖에 걸리지 않습니다.

¹_{오해하지 마십시오. RSAT 제품군은 훌륭한 도구이며 몇 년 동안 함께 작업한 저자들에 대해 많은 존경심을 갖고 있지만 이러한 종류의 대규모 작업에 반드시 최고의 도구는 아닙니다. .}

Answer 1

이렇게 하면 필요한 작업이 수행됩니다.

for i in $(awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed); do grep -A 1 $i seqs.fa ; done

설명하다

awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed: .bed 파일의 각 줄에 대한 시작 및 끝 좌표와 함께 염색체를 인쇄합니다. $2+1파일의 좌표가 서로 다르기 때문에 주의하세요 .bed. 예를 들어 파일의 처음 세 줄은 다음과 같습니다.
```
$ awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed 
chr10_91061478_91062132
chr12_77456451_77457116
chr7_150754940_150755706
```
for i in $(command); do ...; donecommand: 이는 as가 반환한 각 값을 저장 $i한 다음 이를 사용하여 작업을 수행합니다.
grep -A 1 $i seqs.fa: 이것은 "것"입니다. awk명령의 각 결과를 파악 하고 일치하는 줄과 다음 줄( -A 1)을 인쇄합니다.

이 작업을 다시 수행해야 하는 경우 RSAT를 사용하지 마세요! ¹ 이 작업을 수행하는 더 쉬운 방법이 있습니다. 대신, 각 염색체에 대한 FASTA 시퀀스를 다운로드한 다음 패키지의 도구를 사용하십시오 exonerate(Debian을 통해 Debian 기반 시스템에 설치 가능 sudo apt-get install exonerate). 프로세스(각 염색체에 대해 이름이 지정된 FASTA 파일이 있다고 가정 chrN.fa):

awk '{print $1,$2,($3-$2)}' foo.bed | while read chr start length; do
    fastasubseq /path/to/$chr.fa $start $length >> subseqs.fa
done

위의 명령은 관심 있는 하위 서열을 추출하며(좌표가 항상 양극 가닥에 상대적이라고 가정) 몇 초 밖에 걸리지 않습니다.

¹_{오해하지 마십시오. RSAT 제품군은 훌륭한 도구이며 몇 년 동안 함께 작업한 저자들에 대해 많은 존경심을 갖고 있지만 이러한 종류의 대규모 작업에 반드시 최고의 도구는 아닙니다. .}

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