이런 파일이 있습니다. sam 파일이라고 해요
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1 LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P LN:304
SRR959756.23 0 RNU2-1 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-2P 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-6P 55 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:56 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:4 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:11T20 YT:Z:UU
XM인 15열의 파일을 필터링하고 싶어서 이렇게 썼습니다.
awk '$15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt
이거 하다가 잃어버렸어요@(처음 세 줄). 출력에 있는 그대로 유지하려면 어떻게 해야 합니까?
출력은 다음과 같아야합니다
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1 LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P LN:304
SRR959756.23 0 RNU2-1 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-2P 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
수백 개와 같이 더 많은 헤더 줄(@로 시작)이 있을 수도 있습니다. 처음 3줄만 사용했습니다.
답변1
나는 이것을 시도했고 작동한다
awk '$0 ~ /^@/ || $15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt