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참조 문서
Dpse\GA30012 FBgn0000447 chr2 26607738 26607962 -1
Dpse\GA19764 FBgn0085819 chrX 28571020 28571736 -1
Dpse\ttk FBgn0000100 chr2 16553824 16561652 -1
Dpse\GA30195 FBgn0085742 chr3 22629640 22630440 -1
입력 파일:
문서
FBgn0000447 1 11 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1111:20915:34957 255 -
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FBgn0005593 403 452 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:3906:2209 255 +
FBgn0013686 692 741 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:3218:2247 255 -
FBgn0000556 3793 3842 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:5288:2041 255 +
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첫 번째 열과 두 번째 열 사이에 빈 열을 만들어 file다음 출력 2가 되었습니다.
출력 2
FBgn0000447 435 485 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1111:20915:34957 255 -
FBgn0000100 704 754 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1113:9591:98803 255 -
FBgn0085819 154 204 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -
FBgn0085742 389 439 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -
FBgn0037963 47752 47802 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1215:21263:59372 255 -
FBgn0001257 11527 11577 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1311:2957:12154 255 -
FBgn0034315 158 208 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:2113:4139:83177 255 -
FBgn0000559 3316 3365 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:1926:2031 255 +
FBgn0262975 39033 39082 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:1726:2030 255 +
FBgn0032505 1 50 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:5095:2042 255 +
FBgn0005593 403 452 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:3906:2209 255 +
FBgn0013686 692 741 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:3218:2247 255 -
FBgn0000556 3793 3842 HWI-ST484:183:C167BACXX:7:1101:5288:2041 255 +
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이는 이상적인 출력입니다.
파일의 열 1에 있는 모든 ID에 대해 output2열 2의 해당 ID에 대해 reference file열 3을 참조하는 값으로 파일의 열 2를 채웁니다. 파일 열 1의 각 ID에 대해 참조 파일 열 2의 해당 ID에 대해 출력2 파일 열 3은 (계산 결과) (열 3 + 참조 4 - 1), 열 4와 같습니다. (열 4 + 참조 4 - 1) )과 같습니다.output2output2
저는 저인데 current code원하는 출력 파일을 얻을 수 없습니다.
현재 코드
awk -v OFS="\t" '
NR==FNR {a[$2]=$3; b[$2]=$4; next};
{if ($1 in a) $2=a[$1]; print};
{if ($1 in b) $3=b[$1]+$3-1; $4=b[$1]+$4-1; print}
' $ref $output2 > $output3
이상적인 출력은 다음과 같아야 합니다(처음 4줄에 대해).
출력 (필수)
FBgn0000447 chr2 26607738 26607748 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1111:20915:34957 255 -
FBgn0000100 chr2 28571020 28571030 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1113:9591:98803 255 -
FBgn0085819 chrX 16553824 16553834 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -
FBgn0085742 chr3 22629640 22629650 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -
이것이 awk 배열의 숫자 값에 대한 일부 제한 때문인지 또는 다른 버그 때문인지 확실하지 않습니다. 도와주셔서 감사합니다!
reference file추신 : 2열의 모든 ID가 3/4열에 해당 값을 갖고 있지 않기 때문에 문제가 기억납니다 . 그래서 값을 얻을 수 없습니다 output2. 이 문제를 어떻게 해결해야 합니까? 공백을 메우는 가장 좋은 방법은 무엇입니까? 다시 한번 감사드립니다
답변1
공백에 대한 수정 없이 "원시" 입력을 사용했다는 점에 유의하십시오. 실제로 입력 필드 구분 기호가 탭임을 지정하지 않았으므로 awk는 "공백"을 필드 구분 기호로 사용합니다. 따라서 일부를 삽입하는 것은 중요하지 않습니다. 추가 탭이나 뭔가.
awk -v OFS="\t" '
NR == FNR {ref3[$2] = $3; ref4[$2] = $4; next}
$1 in ref3 {
$3 = $3 + ref4[$1] - 1
$2 = ref3[$1] OFS ($2 + ref4[$1] - 1)
print
}
' reference input
FBgn0000447 chr2 26607738 26607748 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1111:20915:34957 255 -
FBgn0000100 chr2 16553824 16553834 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1113:9591:98803 255 -
FBgn0085819 chrX 28571020 28571030 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -
FBgn0085742 chr3 22629640 22629650 HWI-ST1083:68:C0YYUACXX:8:1204:9035:56108 255 -