저는 생물정보학을 배우려고 노력하고 있습니다. 저는 Linux, Ubuntu, bash, Perl, Python 등에 대한 배경 지식이 없습니다. 나는 이전에 이 컴퓨터에 설치하고 사용한 여러 프로그램, 주로 bioperl 모듈을 사용하려고 합니다.
이전 버전은 작동하는 것 같지만 새 버전은 작동하지 않습니다. 구체적으로는 NCBI의 독자적인 폭발 프로그램 그룹이다. 을 사용할 수 있지만 blastall사용할 수 없거나 모듈이 존재하고 실행 파일로 표시되는 경우에도 마찬가지입니다 . 내가 얻는 오류는 .blastnfastacmdblastdbcmdno such file or dir
이 모듈 세트를 제거하고 다시 설치하려면 어떻게 해야 합니까? 아니면 찾을 수 없는 또 다른 이유가 있나요? 나는 그들이 있는 디렉토리에서 실행해 보았습니다.
답변1
독립 실행형 실행 파일로 사용하면 안 됩니다. 세부정보를 참조하세요 man bastall. 예를 들면 다음과 같습니다.
blastall -p blastn -i input.fa -d nr
input.fafasta 파일을 입력으로 사용하여 nr 데이터베이스에 대해 blastn 검색이 실행됩니다 . 일반적으로 이러한 프로그램을 실행하려면 다음을 실행해야 합니다.
blastall -p PROGRAM_NAME
아, 이것들은 Bioperl 모듈이 아닙니다. 이들은 독립적인 프로그램이며 Bioperl과 아무 관련이 없습니다.