새로운 헤더를 사용하여 multifasta 파일을 다른 파일로 분할

Question 1

awk -F'|' '
    NR%2{ close(fileName); hdr=$4 $5; sub("annot.gbk", "", hdr); fileName=hdr".fasta";
          print ">"hdr >fileName; next; };
        { print >fileName; }' infile

Answer

awk -F'|' '
    NR%2{ close(fileName); hdr=$4 $5; sub("annot.gbk", "", hdr); fileName=hdr".fasta";
          print ">"hdr >fileName; next; };
        { print >fileName; }' infile

Question 2

awk주어진 예제에서 파일을 두 줄마다 분할해야 한다고 가정하면 비 솔루션입니다.


# split the file every 2 lines and save in files prefixed FOO.
split -l2 131751_pphA.fasta FOO.

# loop over the files
for f in FOO.*; do 
  # `awk` and `sed` to get the pattern to use as file name and first line, i.e "PANS_1_2_pphA"
  n=$(awk -F'|' '{ print $4$5 }' "$f" | \
    sed 's/annot\.gbk//')

  # copy the 2nd line of the file into a new file named as pattern+.fasta
  sed -n 2p "$f" > "$n.fasta"

  # add the pattern in the created file
  sed -i "1i>\\$n" "$n.fasta"

  # remove the splited files
  rm "$f"
done

$ cat PANS_1_2_pphA.fasta 
PANS_1_2_pphA
MIKKLIAEKGTLIFIEAHNPLSALIASKAEQTNSEGRIVKFDGIWSSSLTDSASRGIPDNETLALSSRLENIADIRNVTDMPIIMDADTGGKPEHFSYYVKRMINNGVNGVIIEDKTGLKKNSLFGTEVEQTLADINDFSEKIKRGKSAVYIDDFMIIARLESLIAGFDVEHALERADAYVEAGADGIMIHSCKKTPDEVFLFSTKFRKKYPSVPLICVPTTYSATSNRELSEAGFNVIIYANHMLRAAYKAMENVSKEILRYGRTAEIEKSCMSVKEIISLIP

Answer

awk주어진 예제에서 파일을 두 줄마다 분할해야 한다고 가정하면 비 솔루션입니다.


# split the file every 2 lines and save in files prefixed FOO.
split -l2 131751_pphA.fasta FOO.

# loop over the files
for f in FOO.*; do 
  # `awk` and `sed` to get the pattern to use as file name and first line, i.e "PANS_1_2_pphA"
  n=$(awk -F'|' '{ print $4$5 }' "$f" | \
    sed 's/annot\.gbk//')

  # copy the 2nd line of the file into a new file named as pattern+.fasta
  sed -n 2p "$f" > "$n.fasta"

  # add the pattern in the created file
  sed -i "1i>\\$n" "$n.fasta"

  # remove the splited files
  rm "$f"
done

$ cat PANS_1_2_pphA.fasta 
PANS_1_2_pphA
MIKKLIAEKGTLIFIEAHNPLSALIASKAEQTNSEGRIVKFDGIWSSSLTDSASRGIPDNETLALSSRLENIADIRNVTDMPIIMDADTGGKPEHFSYYVKRMINNGVNGVIIEDKTGLKKNSLFGTEVEQTLADINDFSEKIKRGKSAVYIDDFMIIARLESLIAGFDVEHALERADAYVEAGADGIMIHSCKKTPDEVFLFSTKFRKKYPSVPLICVPTTYSATSNRELSEAGFNVIIYANHMLRAAYKAMENVSKEILRYGRTAEIEKSCMSVKEIISLIP

Question 3

awk -F '|' '
    /^>/ {
        close(out)
        head = $4
        sub("_[^_]*$","_" $5, head)
        $0 = ">" head
        out = head ".fasta"
    } { print >out }' 131751_pphA.fasta

이것은비슷한도착하다αГsнιn의 답변그러나 시퀀스당 두 개 이상의 라인이 허용됩니다(일반 FastA 파일에서는 가능함).

_또한 약간 다른 방식으로 헤더 이름을 다듬었습니다 . FastA 헤더 행의 네 번째 구분 필드에서 파일 이름의 마지막(?) 뒤의 모든 내용을 다듬고 다섯 번째 필드를 추가했습니다..gbk|

Answer

awk -F '|' '
    /^>/ {
        close(out)
        head = $4
        sub("_[^_]*$","_" $5, head)
        $0 = ">" head
        out = head ".fasta"
    } { print >out }' 131751_pphA.fasta

이것은비슷한도착하다αГsнιn의 답변그러나 시퀀스당 두 개 이상의 라인이 허용됩니다(일반 FastA 파일에서는 가능함).

_또한 약간 다른 방식으로 헤더 이름을 다듬었습니다 . FastA 헤더 행의 네 번째 구분 필드에서 파일 이름의 마지막(?) 뒤의 모든 내용을 다듬고 다섯 번째 필드를 추가했습니다..gbk|

새로운 헤더를 사용하여 multifasta 파일을 다른 파일로 분할

답변1

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