매우 복잡한 주기입니다. 누구든지 나를 도와줄 수 있나요?

Question 1

귀하의 사양을 이해한다면 – 불일치에 대해 너무 명확하지는 않지만 – 정확합니다. 두 개의 루프가 필요합니다

a) 기본 .pdb 파일을 찾고,

b) 관련 포켓 파일.

파일을 생성하고 이전 버전을 덮어쓴 후 를 output.txt사용하여 awk결과 파일에 필수 필드를 추출합니다. cded int dir 후에 ALL시도하십시오.

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

결과 파일에 대한 외관 수정(예: 인쇄 헤더, 행 형식)은 독자에게 맡겨집니다.

Answer

귀하의 사양을 이해한다면 – 불일치에 대해 너무 명확하지는 않지만 – 정확합니다. 두 개의 루프가 필요합니다

a) 기본 .pdb 파일을 찾고,

b) 관련 포켓 파일.

파일을 생성하고 이전 버전을 덮어쓴 후 를 output.txt사용하여 awk결과 파일에 필수 필드를 추출합니다. cded int dir 후에 ALL시도하십시오.

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

결과 파일에 대한 외관 수정(예: 인쇄 헤더, 행 형식)은 독자에게 맡겨집니다.

Question 2

이 문제를 해결하기 위한 아이디어는

cd기본 디렉토리로home/Desktop/Work
모든 디렉토리를 순환합니다 ????_?(루프 변수 dir).
- 일치하는 파일이 있는 경우$dir.pdb
  - cd디렉토리 입력$dir
  - 모두 반복Pocket_*_$dir.pdb
    - 명령을 실행하여 데이터를 처리하고 해당 출력 파일을 생성합니다.
    - 출력 파일에서 stdout으로 데이터를 성공적으로 추출한 경우
  - cd상위 디렉터리로 돌아가야 하는 경우
이 루프의 출력(즉, 추출된 모든 데이터)을ALL_SUMMARY.txt

cd home/Desktop/Work
# edit: remove old summary file because now the script will append to it
rm SUMMARY_ALL.txt
for dir in ????_?
do
    if [ -f "$dir/$dir.pdb" ]
    then
        cd "$dir"
        for pocket in Pocket_*_"$dir.pdb"
        do
            out="${pocket%.pdb}_OUTPUT.txt"
            # edit: if the command '....' prints output this will end up in the summary file
            # '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out"
            '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out" >> ../SUMMARY_ALL.txt
        done
        cd ..
    fi
# edit: avoid putting other output into summanry file
# done > SUMMARY_ALL.txt
done

노트:

이 코드는 테스트되지 않았습니다.

&&출력 파일을 생성하는 명령은 이 명령과 awk데이터를 추출하는 명령 사이에 사용하기 위해 성공 시 상태 0, 오류 시 !=0으로 종료된다고 가정합니다 .

이 awk명령은 단일 파일을 처리하는 데에만 적합합니다. (여기서는 이렇게 사용합니다.) 한 번에 모든 출력 파일을 처리하려면 스크립트를 변경해야 합니다.

Answer