저는 생물정보학 연구를 수행하고 있는 HPC 서버에서 conda를 통해 생성된 R 환경에 R 패키지를 설치하려고 합니다. 일반적인 R 명령을 실행해 보았습니다(로컬 RStudio 설치에서 요청한 패키지가 작동하고 설치됨).
install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source");
그러나 conda R 환경에서 동일한 명령을 실행하려고 하면 계속 오류가 발생합니다.
-bash: syntax error near unexpected token `"http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gzhttp://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz"'
conda R 설치에서 일반 구문이 허용되지 않는 이유에 대한 아이디어가 있습니까? 이 경우 이 문제를 극복하고 unix 서버에서 conda를 통해 패키지를 설치하려면 어떤 구문을 사용해야 합니까?
답변1
주석에서 @steeldriver가 언급 했듯이 install.packages(). 그 후에는 설치가 제대로 작동할 것입니다. 작업 과정:conda activate r_envR
터미널을 열고 HPC 서버에 연결합니다.
다음을 사용하여 콘다 환경을 활성화하십시오.
conda activate r_env다음을 사용하여 R 세션을 엽니다.
R다음 명령을 사용하여 R 패키지를 설치합니다.
install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source")로컬 RStudio에서와 마찬가지로 계속하세요.