☰

새로운 출력 csv 파일에 "samtools"를 사용하여 여러 입력 파일의 결과를 찾는 bash 스크립트

tag-icon • tag-icon bash shell-script bioinformatics spreadsheet
새로운 출력 csv 파일에 "samtools"를 사용하여 여러 입력 파일의 결과를 찾는 bash 스크립트

생물정보학 관련 질문이 있습니다. 여러 개의 bam 파일이 있습니다. 각 bam 파일에서 ID가 있는 각 bam 파일에 대해 매핑된 읽기 수를 찾아야 합니다. 이를 위해 다음 명령이 있습니다.

$ samtools view -c -f 1 -F 12 HG00173.chrom11.ILLUMINA.bwa.FIN.low_coverage.20111114.bam

이를 위해 1222456과 같은 숫자가 출력됩니다.

내 요구 사항은 2개의 열과 이름 열 1) Bam-id 및 열 2) No_of_mapped_reads를 포함하는 csv 파일에서 모든 입력 bam 파일의 출력을 얻어야 한다는 것입니다.

답변1

어쩌면 다음과 같은 것일 수도 있습니다.

parallel --tag samtools view -c -f 1 -F 12 ::: *.bam

이것이 원하는 것이 아니라면 입력 예와 출력 예를 사용하여 질문을 업데이트하십시오.

관련 정보