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프로그램을 실행하기 위해 서로 다른 디렉터리에 있는 여러 파일을 반복합니다.

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프로그램을 실행하기 위해 서로 다른 디렉터리에 있는 여러 파일을 반복합니다.

그래서 iRep 프로그램을 실행해 보았습니다. 일반적으로 다음과 같이 실행됩니다.

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.* -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output

샘 폴더에서 -

10000A-01-01.sam.sorted.sam
10000A-01-02.sam.sorted.sam
10000A-01-03.sam.sorted.sam

Bins 폴더에서 -

10000A-01-01_bin.1.fa
10000A-01-01_bin.2.fa
10000A-01-01_bin.3.fa

10000A-01-02_bin.1.fa
10000A-01-02_bin.2.fa
10000A-01-02_bin.3.fa

10000A-01-03_bin.1.fa
10000A-01-03_bin.3.fa
10000A-01-03_bin.5.fa
10000A-01-03_bin.7.fa

다음과 같이 각 예제에 대해 각 명령을 개별적으로 실행하는 대신 하나의 명령으로 모든 작업을 수행하는 루프를 원합니다.

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.* -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-02_bin.* -s sam/10000A-01-02.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-02_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-03_bin.* -s sam/10000A-01-03.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-03_iRep_output

어떻게 할 수 있는지 아시나요?

답변1

#!/bin/sh

# Loop over the SAM files
for sam in sam/*.sam.sorted.sam; do
    # Extract the sample name by taking the basename of the SAM file
    # and removing the known filename suffix.
    sample=$(basename "$sam" .sam.sorted.sam)

    # Call iRep (as described in the question)
    iRep -f Bins/"$sample"_bin.* -s "$sam" --sort -o "$sample"_iRep_output
done

문제의 파일이 주어지면 결국 실행됩니다.

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.1.fa Bins/10000A-01-01_bin.2.fa Bins/10000A-01-01_bin.3.fa -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-02_bin.1.fa Bins/10000A-01-02_bin.2.fa Bins/10000A-01-02_bin.3.fa -s sam/10000A-01-02.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-02_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-03_bin.1.fa Bins/10000A-01-03_bin.3.fa Bins/10000A-01-03_bin.5.fa -s sam/10000A-01-03.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-03_iRep_output

답변2

GNU Parallel을 사용하면 다음과 같습니다:

parallel --plus iRep -f Bins/{/...}_bin.* -s {} --sort -o {/...}_iRep_output ::: sam/*.sam.sorted.sam

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