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AWK for 루프를 입력으로 사용하여 찾기 및 바꾸기

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AWK for 루프를 입력으로 사용하여 찾기 및 바꾸기

두 개의 파일이 있습니다.

Ref.txt에는 다음이 포함됩니다.

ABCDEFG,15147,ABC,ABCD,ABCDE
HIJKLMN,500,HIJKLM,HIJKL,HIJK

및 다음을 포함하는 Seq.txt

ABCDEFG
ABCXXXX
ABCDXXX
ABCDEXX
HIJKXXX
HIJKLXX
HIJKLMX
HIJKLMN

Ref.txt 파일의 각 줄의 3-end 필드에 대해 Seq.txt 파일을 검색하고 문자열이 있는 줄을 해당 줄의 첫 번째 필드에 있는 문자열로 바꾸고 싶습니다. 이 예에서 내가 찾고 있는 출력은 다음과 같습니다.

ABCDEFG
ABCDEFG
ABCDEFG
ABCDEFG
HIJKLMN
HIJKLMN
HIJKLMN
HIJKLMN

이것은 잘못된 코드이지만 다음과 같은 명령을 생각하고 있습니다.

awk '{for(i=3; i<=NF; i++) gsub( $i , $1)}

그러나 for 루프는 Ref.txt 파일을 참조하고 gsub 명령은 Seq.txt 파일에서 실행됩니다.

답변1

|이를 수행하는 것을 고려할 수 있는 한 가지 방법은 Ref.txt의 각 줄의 세 번째 끝 필드에서 정규식을 연결하고 값으로 키가 지정된 연관 배열에 저장하여 단일 정규식을 작성하는 것입니다 $1.

그런 다음 각 Seq.txt의 키를 반복할 수 있습니다 $1.

awk -F, '
  NR==FNR {
    # construct a single ERE as $3|$4|$5|etc. keyed on $1
    for(i=3;i<=NF;i++) r[$1] = r[$1] == "" ? $i : r[$1] "|" $i;
    next
  } 
  {
    # test $1 against each ERE and substitute the first matching key
    for(k in r) {
      if ($1 ~ r[k]) {
        $1 = k; 
        break
      }
    }
  }
  1
' Ref.txt Seq.txt

답변2

sed다음과 같은 구성을 사용하여 Posix이를 달성 할 수 있습니다 .

$ sed -ne '
   /,/!G
   y/\n_/_\n/
   s/^\([^_][^_]*\).*__\(.*_\)\{0,1\}\([^,]*\),[^,]*,[^_]*,\1,.*/\3/p
   s/^[^_]*__//;s/$/,/
   y/_\n/\n_/
   /\n/!H
' Ref.txt Seq.txt

참고: 이는 bash여기에 지정된 매개변수의 순서와 개수를 사용하여 명령줄에서 실행됩니다.

Perl정규식을 사용하지 않고도 여기에서 사용할 수도 있습니다.

$ perl -F, -lane '
   if ( @ARGV ) {
     $h{$_} = $F[0] for @F[2..$#F];
     next;
   }
   my $seq = $_;
   my($k) = grep { ! index($seq, $_) } keys %h;
   print $h{$k};
' Ref.txt Seq.txt

답변3

나처럼 게으른 사람이라면 배열과 루프를 처리하고 이를 도구에 맡기고 싶지 않을 것입니다. 이것이 바로 내가 sed이 Ref.txt줄(쉼표로 식별)을 예약된 공간에 두는 것을 선호하는 이유입니다 H. 실제로 패턴이 항상 두 개의 쉼표 사이에 있다는 것을 알기 위해 또 다른 쉼표를 추가했습니다. 그래서 그것은 합산됩니다 /,/{s/$/,/;H;d;}.

이제 의 각 줄에 대해 Seq.txt참조 힙을 예약된 공간에 추가하고 명령이 패턴을 힙에서 찾은 패턴으로 바꾸도록 G합니다 . s정규식은 일반적으로 읽는 것보다 작성하는 것이 더 쉽습니다.

이제 패턴 공간을 살펴보겠습니다.

ABCDEFG\n\nABCDEFG,15147,ABC,ABCD,ABCDE\nHIJKLMN,500,HIJKLM,HIJKL,HIJK
\_____/    \_____/       \_/
replace    by this  if  match
  • 교체할 부품은 처음( ^)에 위치하고, 일치하는 부품( [A-Z]+)과 전후의 일부 부품( [A-Z]*) 이 있습니다.
  • 교체는 개행 문자와 쉼표 사이의 순서입니다.\n[A-Z]*,
  • 일치 항목은 첫 번째 부분에서 역참조된 두 개의 쉼표 사이의 패턴입니다.,\1,

전체적으로 이것은 다음과 같습니다.

sed -E '/,/{s/$/,/;H;d;};G;s/^[A-Z]*([A-Z]{1,})[A-Z]*\n.*\n([A-Z]*),[A-Z0-9,]*,\1,.*/\2/;P;d' Ref.txt Seq.txt

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