파일 목록을 사용하여 비슷한 이름의 파일 그룹에 스크립트 적용(unix)

다음과 같은 이름의 파일 세트가 있습니다.

NAM11_BW415_R1.fastq.gz         NAM13_BW968_R2.fastq.gz     NAM17_AC_Barrie_R1.fastq.gz  NAM3_PI648600_R2.fastq.gz  NAM7_Glenlea_R1.fastq.gz   PI648598_R2.fastq.gz
NAM11_BW415_R2.fastq.gz         NAM13_Frontana_R1.fastq.gz  NAM17_AC_Barrie_R2.fastq.gz  NAM3_PI648842_R1.fastq.gz  NAM7_Glenlea_R2.fastq.gz   PI648611_R1.fastq.gz
NAM11_Reeder_R1.fastq.gz        NAM13_Frontana_R2.fastq.gz  NAM17_BW388_R1.fastq.gz      NAM3_PI648842_R2.fastq.gz  NAM7_Laura_R1.fastq.gz     PI648611_R2.fastq.gz
NAM11_Reeder_R2.fastq.gz        NAM14_BW874_R1.fastq.gz     NAM17_BW388_R2.fastq.gz      NAM4_PI613279_R1.fastq.gz  NAM7_Laura_R2.fastq.gz     PI648672_R1.fastq.gz
NAM11_Webill_R1.fastq.gz        NAM14_BW874_R2.fastq.gz     NAM17_RedFife_R1.fastq.gz    NAM4_PI613279_R2.fastq.gz  NAM7_Marquis_R1.fastq.gz   PI648672_R2.fastq.gz
NAM11_Webill_R2.fastq.gz        NAM14_Glenn_R1.fastq.gz     NAM17_RedFife_R2.fastq.gz    NAM4_PI613280_R1.fastq.gz  NAM7_Marquis_R2.fastq.gz   PI648724_R1.fastq.gz
NAM12_BW431_L002_R1.fastq.gz    NAM14_Glenn_R2.fastq.gz     NAM1_PI648517_R1.fastq.gz    NAM4_PI613280_R2.fastq.gz  NAM8_FL62R1_R1.fastq.gz    PI648724_R2.fastq.gz
NAM12_BW431_L002_R2.fastq.gz    NAM14_Unity_R1.fastq.gz     NAM1_PI648517_R2.fastq.gz    NAM4_PI648524_R1.fastq.gz  NAM8_FL62R1_R2.fastq.gz    PI648768_R1.fastq.gz
NAM12_BW431_L008_R1.fastq.gz    NAM14_Unity_R2.fastq.gz     NAM1_PI648519_R1.fastq.gz    NAM4_PI648524_R2.fastq.gz  NAM8_Muchmore_R1.fastq.gz  PI648768_R2.fastq.gz

파일당 두 개의 매개변수(R1 및 R2)를 허용하고 16개 파일/프로세스의 각 배치에서 이 작업을 수행하는 스크립트를 사용하고 싶습니다. 파일이 이렇게 보이더라도 유사해 보이거나 R1 및 R2로 끝나는 파일 세트가 있는 폴더로 일반화하고 싶기 때문에 어떻게 해야 합니까?

파일을 동일한 이름을 가진 두 그룹으로 분할하고 해당 파일이 있는 폴더 세트를 생성하는 스크립트로 보내고 해당 폴더 세트 내에서 스크립트는 여러 명령을 실행합니다.

지금까지 가지고 있는 코드는 첫 번째 파일에는 문제가 없지만 다른 폴더에서 작업을 수행하는 대신 동일한 폴더에서 동일한 프로세스를 수행하기 시작합니다.

그래서 제가 원하는 코드는 비슷한 이름을 가진 두 개의 파일을 가져와서 그 파일에 일련의 스크립트를 적용하는 것입니다. 한 번에 8개씩 가져가서 완료되면 다음 배치를 시작할 수 있으면 더 좋을 것입니다.