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다른 파일의 헤더 라인에 해당하는 fasta 시퀀스를 얻는 방법

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다른 파일의 헤더 라인에 해당하는 fasta 시퀀스를 얻는 방법

file1헤더 줄이 포함된 파일( )과 fasta 형식의 시퀀스인 다른 파일( ) 이 있습니다 file2. file1의 헤더 행이 있는 경우 fasta 시퀀스를 grep하고 싶습니다 file2.

예:

  • file1: 
    >sp|B7UM99|TIR_ECO27
>sp|P06616|ERA_ECOLI
  • file2: 
    >sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............
>sp|P0AD68|HUMAN
MKAAAKTQKPKRQEEHANFISWRFALLCGC
ILLALAFLLGRVAWLQVISPDMLVKEGDMR
SLRVQQVSTSRGMITDRSGRPLAVSVPVKA
IWADPKEVHDAGGISVGDRWKALANALNIP
.............
  • 원하는 출력 
    >sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............

답변1

Fasta 파일이 주어지면 해당 시퀀스 동작동일한 길이,

$ cat file.fa
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLLG
QKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............
>sp|P0AD68|HUMAN
MKAAAKTQKPKRQEEHANFISWRFALLCGC
ILLALAFLLGRVAWLQVISPDMLVKEGDMR
SLRVQQVSTSRGMITDRSGRPLAVSVPVKA
IWADPKEVHDAGGISVGDRWKALANALNIP
.............

시퀀스 이름이 포함된 쿼리 파일,

$ cat query
sp|B7UM99|TIR_ECO27
sp|P06616|ERA_ECOLI

그 다음에samtools다음과 같이 사용할 수 있습니다.

$ samtools faidx file.fa -r query
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAARGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFEVLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLLGQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVELVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............

답변2

fastagrep원하는 것을 수행하는 것처럼 보이는 유틸리티가 있습니다 . 귀하의 데이터는 data1 및 data2 파일에 있습니다.

# Utility functions: print-as-echo, print-line-with-visual-space.
pe() { for _i;do printf "%s" "$_i";done; printf "\n"; }
pl() { pe;pe "-----" ;pe "$*"; }

pl " Input data file $FILE1:"
head -20 $FILE1

pl " Input data file $FILE2:"
head -20 $FILE2

pl " Expected output:"
cat $E

pl " Results:"
fastagrep -f $FILE1 $FILE2

생산:

-----
 Input data file data1:
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
>sp|P06616|ERA_ECOLI

-----
 Input data file data2:
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............
>sp|P0AD68|HUMAN
MKAAAKTQKPKRQEEHANFISWRFALLCGC
ILLALAFLLGRVAWLQVISPDMLVKEGDMR
SLRVQQVSTSRGMITDRSGRPLAVSVPVKA
IWADPKEVHDAGGISVGDRWKALANALNIP

-----
 Expected output:
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI

-----
 Results:
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............

이것은 다음과 같은 시스템에 있습니다.

OS, ker|rel, machine: Linux, 3.16.0-7-amd64, x86_64
Distribution        : Debian 8.11 (jessie) 
perl 5.20.2

fastagrep의 세부사항:

fastagrep       extract sequences from a multi-FASTA file by regex. (what)
Path    : ~/bin/fastagrep
Version : fastagrep version 0.3
Length  : 392 lines
Type    : Perl script, ASCII text executable
Shebang : #!/usr/bin/env perl
Home    : https://github.com/rec3141/rec-genome-tools (doc)
Modules : (for perl codes)
 strict 1.08
 warnings       1.23
 Getopt::Std    1.10
 IO::File       1.16
 Data::Dumper   2.151_01

행운을 빕니다... 건배, drl

답변3

이 awk 명령은 아마도 당신이 원하는 것을 할 것입니다:

$ cat file1 | xargs -I{} awk -v tag={}  '$0==tag{p=1; print; next} /sp/{p=0}p' file2
>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............

과정은 매우 간단하며 설명이 거의 필요하지 않습니다.

답변4

사용행복하다(이전 Perl_6)

~$ raku -e 'my @query = "/path/to/fastaIDs.txt".IO.lines;  
            .grep(/@query/).print for lines.join("\n").split(/^^ <?before \> >/, :skip-empty);'  file.fa

#OR:

~$ raku -e 'my @query = "/path/to/fastaIDs.txt".IO.lines; 
            .grep(/@query/).print for lines.join("\n").comb(/^^ \> <-[>]>+ /);'  file.fa

#OR (more simply):

~$ raku -e 'my @query = "/path/to/fastaIDs.txt".IO.lines; 
            .print for lines.join("\n").comb(/^^ \> @query <-[>]>+ /);'  file.fa

Raku는 Perl 계열의 프로그래밍 언어입니다. Raku는 매우 강력한 정규식/문법 엔진을 구현하므로 생물정보학 텍스트 처리에 적합한 선택입니다.

상단에서 각 코드 예제를 오른쪽에서 왼쪽으로 읽으면 (첫 번째 예제) 또는 (두 번째 예제)를 사용하여 fasta.fa파일을 별도의 레코드로 나눌 수 있습니다. 파일의 행을 읽고 개행 문자로 연결하며 다음을 수행합니다.splitcombfasta.fa\n

  • split줄의 오른쪽 모서리 앞에 있는 공백 요소를 제거하려면 >이 옵션을 사용하십시오 . :skip-empty참고: <?before … >Raku의 긍정적인 예측. 이러한 기록은 grep필수 FastaID를 기반으로 ped됩니다.

또는

  • comb>-through 는 오른쪽 모서리 로 시작하고 그 뒤에 오른쪽이 아닌 문자가 하나 이상 오는 요소를 찾습니다 . Note <-[…]>는 Raku의 부정적인 문자 클래스( <+[…]>그러나 . 이러한 레코드는 grep필수 FastaID에 연결됩니다. 세 번째 예에서는 연속된 comb단계가 grep단일 comb단계로 축소됩니다.

입력 예( fastaIDs.txt):

sp|B7UM99|TIR_ECO27
sp|P06616|ERA_ECOLI

입력 예( file.fa):

>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............
>sp|P0AD68|HUMAN
MKAAAKTQKPKRQEEHANFISWRFALLCGC
ILLALAFLLGRVAWLQVISPDMLVKEGDMR
SLRVQQVSTSRGMITDRSGRPLAVSVPVKA
IWADPKEVHDAGGISVGDRWKALANALNIP
............

예제 출력:

>sp|B7UM99|TIR_ECO27
MPIGNLGNNVNGNHLIPPAPPLPSQTDGAA
RGGTGHLISSTGALGSRSLFSPLRNSMADS
VDSRDIPGLPTNPSRLAAATSETCLLGGFE
VLHDKGPLDILNTQIGPSAFRVEVQADGTH
......
>sp|P06616|ERA_ECOLI
MSIDKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLL
GQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIY
VDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVE
LVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVI
............

참고: 기본적으로 아래의 FASTA 레코드 구분 기호 코드로 시작하고 경로/grep 코드를 추가하여 관심 있는 레코드를 필터링합니다.

~$ raku -e '.print for lines.join("\n").split(/^^ <?before \> >/, :skip-empty);'  file.fa

#OR:

~$ raku -e '.print for lines.join("\n").comb(/^^ \> <-[>]>+ /);'  file.fa

https://docs.raku.org/routine/grep
https://raku.org

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