쉘 스크립트에서 파일 데이터를 추출하는 중 오류가 발생했습니다.

Question

입력 파일에는 실제로 다음과 같이 한 줄에 하나의 파일 이름만 포함되어 있다고 가정합니다.

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

스크립트는 각 줄을 읽으 므로 id첫 번째 줄 뒤의 id값 은 입니다 SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq. 지금 이 변수를 사용하면 $id.barcode.in.R1.R1.fastq변수가 값으로 대체된 다음 .barcode.in.R1.R1.fastq나머지 문자열( )이 추가됩니다. 물론 이름이 아무것도 없기 때문에 오류가 발생합니다 SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq.

간단한 해결책(파일에 짝수 줄이 있다고 가정)으로 이 문제를 극복할 수 있습니다.

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

예 를 들어 파일에서 읽은 문자열의 첫 번째 지점 앞의 단어 ${line1%%.*}로 대체됩니다 .SAE1903

Answer 1

입력 파일에는 실제로 다음과 같이 한 줄에 하나의 파일 이름만 포함되어 있다고 가정합니다.

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

스크립트는 각 줄을 읽으 므로 id첫 번째 줄 뒤의 id값 은 입니다 SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq. 지금 이 변수를 사용하면 $id.barcode.in.R1.R1.fastq변수가 값으로 대체된 다음 .barcode.in.R1.R1.fastq나머지 문자열( )이 추가됩니다. 물론 이름이 아무것도 없기 때문에 오류가 발생합니다 SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq.

간단한 해결책(파일에 짝수 줄이 있다고 가정)으로 이 문제를 극복할 수 있습니다.

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

예 를 들어 파일에서 읽은 문자열의 첫 번째 지점 앞의 단어 ${line1%%.*}로 대체됩니다 .SAE1903

쉘 스크립트에서 파일 데이터를 추출하는 중 오류가 발생했습니다.

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