File1의 열을 일치시켜 File2에서 해당 fasta 시퀀스를 얻는 방법은 무엇입니까?

Question 1

이는 다음을 통해 수행할 수 있습니다.

for i in `awk -F ',' '{print $1}' file1.csv `; do grep $i fasta.file ; done

여기에서는 먼저 다음 Object_ID을 사용하여 file1.csv에서 추출합니다. awk -F ',' '{print $1}' file1.csv

그런 다음 그 주위에 루프를 실행하여 다른 파일에서 추출합니다.

Answer

이는 다음을 통해 수행할 수 있습니다.

for i in `awk -F ',' '{print $1}' file1.csv `; do grep $i fasta.file ; done

여기에서는 먼저 다음 Object_ID을 사용하여 file1.csv에서 추출합니다. awk -F ',' '{print $1}' file1.csv

그런 다음 그 주위에 루프를 실행하여 다른 파일에서 추출합니다.

Question 2

Fasta 파일이 호출 fasta.fa되고 CSV 파일이 호출되어 sequences.csv다음과 같은 결과가 발생했다고 가정해 보겠습니다.SAM 도구(상당히 표준적인 생물정보학 패키지)가 설치됩니다.

Fasta 파일 색인:
```
samtools faidx fasta.fa
```
추출하려는 이름을 추출하십시오 regions.txt.
```
awk -F, 'NR > 1 { print $1 }' <sequences.csv >regions.txt
```
파일은 시퀀스 이름이 있고 추출 하려는 시퀀스의 영역을 나타내는 형식 region:start-stop(한 줄에 하나씩) 을 갖습니다. 나는 당신이 완전한 시퀀스를 추출하기를 원한다고 가정하고 있으므로 or 거기에 넣지 않을 것입니다.regionstartstopstartstop

startCSV 파일의 숫자를 합계로 사용하려면 다음을 수행하세요 stop.
```
awk -F, 'NR > 1 { printf("%s:%d-%d\n", $1, $2, $3) }' <sequences.csv >regions.txt
```
시퀀스를 추출하여 다음을 수행합니다 output.fa.
```
samtools faidx -c fasta.fa -r regions.txt >output.fa
```

regions.txtFasta 파일에 없는 시퀀스 이름은 빈 시퀀스로 출력됩니다 output.fa( samtools이에 대해서도 경고가 표시됩니다).

또한보십시오:

Answer

Fasta 파일이 호출 fasta.fa되고 CSV 파일이 호출되어 sequences.csv다음과 같은 결과가 발생했다고 가정해 보겠습니다.SAM 도구(상당히 표준적인 생물정보학 패키지)가 설치됩니다.

Fasta 파일 색인:
```
samtools faidx fasta.fa
```
추출하려는 이름을 추출하십시오 regions.txt.
```
awk -F, 'NR > 1 { print $1 }' <sequences.csv >regions.txt
```
파일은 시퀀스 이름이 있고 추출 하려는 시퀀스의 영역을 나타내는 형식 region:start-stop(한 줄에 하나씩) 을 갖습니다. 나는 당신이 완전한 시퀀스를 추출하기를 원한다고 가정하고 있으므로 or 거기에 넣지 않을 것입니다.regionstartstopstartstop

startCSV 파일의 숫자를 합계로 사용하려면 다음을 수행하세요 stop.
```
awk -F, 'NR > 1 { printf("%s:%d-%d\n", $1, $2, $3) }' <sequences.csv >regions.txt
```
시퀀스를 추출하여 다음을 수행합니다 output.fa.
```
samtools faidx -c fasta.fa -r regions.txt >output.fa
```

regions.txtFasta 파일에 없는 시퀀스 이름은 빈 시퀀스로 출력됩니다 output.fa( samtools이에 대해서도 경고가 표시됩니다).

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