Linux의 여러 파일 중에서 필수 열이 포함된 새 파일을 만드는 방법은 무엇입니까?

다음의 간단한 방법을 시도해 보세요.

먼저 다음을 수행하십시오.

awk 'FNR==1 { print substr(FILENAME,1,16) >substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
     FNR >1 { print $12 > substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
     NR==FNR{ print $6  >"first_column.tmp" }' TCGA-A*/t_data.ctab

그런 다음 paste쉼표로 구분된 파일과 함께 보관하세요( -d,사용하려면 탭을 제거하세요).

paste -d, *.tmp
t_name,TCGA-A2-A0T3-01A,TCGA-A7-A4SA-01A,TCGA-A7-A6VW-01A
MSTRG.1.1,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.1,0.284182,0.28418,0.2841
MSTRG.11.1,0.077194,0.07719,0.0771
ENST00000456328.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.3,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.2,0.051214,0.05121,0.0512
ENST00000450305.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.5,0.007904,0.00790,0.0079
MSTRG.10.6,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.7,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.3,0.137788,0.13778,0.1377

csv 출력에 만족하시나요?

find ballgown -name t_data.ctab | awk ' {
  F=$0
  print F " started"
  split(F,P,"/")
  FN= P[2]
  TF[FN]=1
  getline < F
  while ((getline < F) > 0) {
    TN[$6]=1
    TV[FN ":" $6] = $NF
  }
  close(F)
  print f " done"
}
END {
  printf("tname")
  for (F in TF) {
    printf(", %s",F)
  }
  print ""
  for (N in TN) {
    printf("%s",N)
    for (F in TF) {
      printf(", %s",TV[F ":" N])
    }
    print ""
  }
}
'

질문 댓글에서 언급한 대로 질문을 두 가지 작업으로 나누었습니다. 이는 각 파일의 첫 번째 열이 정확히 동일하고 각 파일의 행 수가 동일하기 때문에 가능합니다.

무도회 드레스 카탈로그에 자신을 배치하십시오:

cd ballgown

첫 번째 단계에서는 첫 번째 열을 포함하는 출력 파일을 만듭니다.

cut -f6 TCGA-A7-A6VW-01A/t_data.ctab > out.tab

대부분의 작업은 find다음과 같은 조합을 통해 수행 됩니다 perl.

find -iname t_data.ctab -exec perl -i.bak -lane 'if($.==1){$ARGV=~/([-\w]+)\/.*$/;$f=$1} if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$f;next}; print "$_\t$a[$.-$n]"' {} out.tab \;

노트:이는 파괴적인 동작입니다. 원본 파일은 보존되고 .bak확장자는 추가됩니다.

---

비파괴 버전, 활용됨 sponge( findloop로 대체됨 for):

for F in */t_data.ctab; do perl -lane 'if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$ARGV=~s/([-\w]+)\/.*$/$1/r;next} print "$_\t$a[$.-$n]"' $F out.tab | sponge out.tab; done;

완전히 프로그래밍 가능한 솔루션PHP.

<?php
$filenames = glob('*/t_data.ctab');
foreach($filenames as $k=>$filename) {
    $name = pathinfo($filename)['dirname'] . "\n";
    $file = file($filename);
    foreach ($file as $n => $line) {
        $line = explode("\t", $line);
        if ($n === 0) {
            $line[11] = $name;
        }
        if ($k === 0) {
            $out[$n] = $line[5] . "\t" . $line[11];
        } else {
            $out[$n] = trim($out[$n]) . "\t" . $line[11];
        }
    }
}
file_put_contents('out.tab', $out);

용법:

• ballgown디렉토리 에 자신을 배치
• 파일을 저장하고 이름을 지정하십시오.script.php
• 스크립트 실행php script.php
• out.tab파일에서 출력을 찾을 수 있습니다.

노트:

PHP 설치 및 사용 방법, 스크립트의 기능, 특정 요구 사항에 맞게 조정하는 방법에 대한 추가 지침이 필요한 경우 알려주십시오.

---

이것은 동일한 솔루션입니다.파이썬, 댓글에 언어가 언급되었기 때문입니다. Python을 처음 작성해 보는데 개선 사항을 제안해 주세요.

import os, glob
out = []
for k, filename in enumerate(glob.glob('*/t_data.ctab')):
    with open(filename, 'r') as f:
        file = f.readlines()
        for n, line in enumerate(file):
            line = line.split("\t")
            if n == 0:
                line[11] = os.path.dirname(filename) + "\n"
            if k == 0:
                out.append(line[5] + "\t" + line[11])
            else:
                out[n] = out[n].strip() + "\t" + line[11]
outfile = open('out.tab', 'w')
outfile.write("".join(out))

---

동일한 방법이 다음과 같이 작성됩니다.진주하나의 선:

perl -lane '$a[$n].=($a[$n]?"":$F[5])."\t".($n<1?$ARGV=~s#([-\w]+)\/.*$#$1#r:$F[11]); $n=eof?0:$n+1}{print "$_" for @a' */t_data.ctab