일치하는 행 수 계산

Question 1

다음 방법으로 이를 수행할 수 있습니다.

grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c

이렇게 하면 원하는 방식의 반대 방향으로 출력이 생성되지만 해당 순서대로 필요한 경우 다음을 수행할 수 있습니다.

grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c | awk '{c = $1; $1 = ""; print $0,c}'

Answer

다음 방법으로 이를 수행할 수 있습니다.

grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c

이렇게 하면 원하는 방식의 반대 방향으로 출력이 생성되지만 해당 순서대로 필요한 경우 다음을 수행할 수 있습니다.

grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c | awk '{c = $1; $1 = ""; print $0,c}'

Question 2

Awk의 배열을 사용하여 이를 수행할 수 있습니다.

awk '
  NR==FNR {a[$0]==1; next} 
  {for(x in a) c[x] += $0 ~ x} 
  END {for (x in a) print x, c[x]}
' input1 input2
Equus caballus 10
Saccharomyces cerevisiae S288c 1
Monodelphis domestica 5

(이것은 단일 배열을 사용하여 수행할 수 있지만 IMHO는 인덱스 세트와 개수를 저장하기 위해 별도의 배열을 사용하는 것이 더 깔끔할 것입니다.)

Answer

Awk의 배열을 사용하여 이를 수행할 수 있습니다.

awk '
  NR==FNR {a[$0]==1; next} 
  {for(x in a) c[x] += $0 ~ x} 
  END {for (x in a) print x, c[x]}
' input1 input2
Equus caballus 10
Saccharomyces cerevisiae S288c 1
Monodelphis domestica 5

(이것은 단일 배열을 사용하여 수행할 수 있지만 IMHO는 인덱스 세트와 개수를 저장하기 위해 별도의 배열을 사용하는 것이 더 깔끔할 것입니다.)

Question 3

perl -lne '
    $h{"$_"}=$h[@h]=$_,next if @ARGV && !exists $h{$_};
    for my $h (@h) { 1+index(s/\h+/ /rg, " $h chromosome ") && $s{$h}++; }
    }{print "$_ $s{$_}" for @h;
' file1 file2

산출:

Equus caballus 10
Monodelphis domestica 5
Saccharomyces cerevisiae S288c 1

설명하다:

-nPerl파일은 한 줄씩 읽혀 지며 요청하지 않는 한 인쇄되지 않습니다.
-l할 것RS = ORS = \n
관련된 데이터 구조:
- 해시에는 %h에서 읽은 유전자 키가 있습니다 file1.
- 배열에는 @h(중복되지 않음) 읽을 때 발견된 순서대로 유전자가 포함됩니다 file1.
- 해시에는 %s유전자가 포함된 키와 해당 유전자가 나타나는 횟수에 해당하는 값이 있어야 합니다 file2.
피복재:
- @ARGV첫 번째 매개변수(file1)는 1개의 파일 내용을 읽어야 하며, 두 번째 매개변수(file2)는 비어 있어야 합니다. 따라서 첫 번째 줄은 filehash %h및 array 에서만 작동하고 채울 것입니다 @h.
- 두 번째 줄은 읽기 행에 적용되고 특정 행에서 특정 유전자가 발견된 횟수로 file2해시 값을 업데이트합니다 .%s
  - index(str, substr)이 함수는 문자열에서 하위 문자열의 위치를 찾으면 반환하고, 실패하면 -1을 반환합니다.
- 3행은 file2를 읽은 후 실행되며 %s배열에 설정된 키 순서대로 해시 내용을 인쇄합니다 @h.

Answer

perl -lne '
    $h{"$_"}=$h[@h]=$_,next if @ARGV && !exists $h{$_};
    for my $h (@h) { 1+index(s/\h+/ /rg, " $h chromosome ") && $s{$h}++; }
    }{print "$_ $s{$_}" for @h;
' file1 file2

산출:

Equus caballus 10
Monodelphis domestica 5
Saccharomyces cerevisiae S288c 1

설명하다:

-nPerl파일은 한 줄씩 읽혀 지며 요청하지 않는 한 인쇄되지 않습니다.
-l할 것RS = ORS = \n
관련된 데이터 구조:
- 해시에는 %h에서 읽은 유전자 키가 있습니다 file1.
- 배열에는 @h(중복되지 않음) 읽을 때 발견된 순서대로 유전자가 포함됩니다 file1.
- 해시에는 %s유전자가 포함된 키와 해당 유전자가 나타나는 횟수에 해당하는 값이 있어야 합니다 file2.
피복재:
- @ARGV첫 번째 매개변수(file1)는 1개의 파일 내용을 읽어야 하며, 두 번째 매개변수(file2)는 비어 있어야 합니다. 따라서 첫 번째 줄은 filehash %h및 array 에서만 작동하고 채울 것입니다 @h.
- 두 번째 줄은 읽기 행에 적용되고 특정 행에서 특정 유전자가 발견된 횟수로 file2해시 값을 업데이트합니다 .%s
  - index(str, substr)이 함수는 문자열에서 하위 문자열의 위치를 찾으면 반환하고, 실패하면 -1을 반환합니다.
- 3행은 file2를 읽은 후 실행되며 %s배열에 설정된 키 순서대로 해시 내용을 인쇄합니다 @h.

Question 4

원하는 작업을 수행하는 Python 스크립트는 다음과 같습니다.

#!/usr/bin/env python
"""Count the occurrences of the lines in file1 inside file2."""

import sys

path1 = sys.argv[1]
path2 = sys.argv[2]

counts = dict()
with open(path1, 'r') as file1:
    for line1 in file1.read().splitlines():
        counts[line1] = 0
        with open(path2, 'r') as file2:
            for line2 in file2.read().splitlines():
                if line1 in line2:
                    counts[line1] += 1

for key, value in counts.iteritems():
    print("{}: {}".format(key, value))

다음과 같이 실행할 수 있습니다.

python count.py file1 file2

주어진 예제 데이터에서 다음과 같은 출력이 제공됩니다.

Monodelphis domestica: 5
Saccharomyces cerevisiae S288c: 1
Equus caballus: 10

다음은 동일한 작업을 수행하는 Bash 스크립트입니다.

#!/bin/bash

file1 = "$1"
file2 = "$2"

while read line; do
    count="$(grep -F "${line}" file2 | wc -l)"; echo "${line}: ${count}";
done < file1

Answer

원하는 작업을 수행하는 Python 스크립트는 다음과 같습니다.

#!/usr/bin/env python
"""Count the occurrences of the lines in file1 inside file2."""

import sys

path1 = sys.argv[1]
path2 = sys.argv[2]

counts = dict()
with open(path1, 'r') as file1:
    for line1 in file1.read().splitlines():
        counts[line1] = 0
        with open(path2, 'r') as file2:
            for line2 in file2.read().splitlines():
                if line1 in line2:
                    counts[line1] += 1

for key, value in counts.iteritems():
    print("{}: {}".format(key, value))

다음과 같이 실행할 수 있습니다.

python count.py file1 file2

주어진 예제 데이터에서 다음과 같은 출력이 제공됩니다.

Monodelphis domestica: 5
Saccharomyces cerevisiae S288c: 1
Equus caballus: 10

다음은 동일한 작업을 수행하는 Bash 스크립트입니다.

#!/bin/bash

file1 = "$1"
file2 = "$2"

while read line; do
    count="$(grep -F "${line}" file2 | wc -l)"; echo "${line}: ${count}";
done < file1

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