여러 파일의 행을 하나의 파일로 복사하고 해당 행의 이름을 원본 파일 이름으로 지정하는 방법

Question 1

게시한 입력/출력 예제와 허용된 답변을 고려하면 실제로 필요한 것은 ARGIND에 GNU awk를 사용하는 것뿐입니다.

awk -F'>' -v OFS='\t' 'NF>1{print $2, "Bin_"ARGIND}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

또는 awk를 사용하십시오.

awk -F'>' -v OFS='\t' 'FNR==1{++c} NF>1{print $2, "Bin_"c}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

Answer

게시한 입력/출력 예제와 허용된 답변을 고려하면 실제로 필요한 것은 ARGIND에 GNU awk를 사용하는 것뿐입니다.

awk -F'>' -v OFS='\t' 'NF>1{print $2, "Bin_"ARGIND}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

또는 awk를 사용하십시오.

awk -F'>' -v OFS='\t' 'FNR==1{++c} NF>1{print $2, "Bin_"c}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

Question 2

#!/usr/bin/env python

import os

files = os.listdir('/User/Bin')
for file in files:
    fi = open(file, 'r')
    n = file.split('.')[1]
    for line in fi:
        line = line.strip()
        if line.startswith('>'):
            bins = 'Bin_' + n
            print("%s\t%s" % (line[1:], bins))
    fi.close()

Linux를 사용하는 한 Python이 설치되어 있을 것입니다. 이것은 효과가 있을 수 있습니다.

Answer

#!/usr/bin/env python

import os

files = os.listdir('/User/Bin')
for file in files:
    fi = open(file, 'r')
    n = file.split('.')[1]
    for line in fi:
        line = line.strip()
        if line.startswith('>'):
            bins = 'Bin_' + n
            print("%s\t%s" % (line[1:], bins))
    fi.close()

Linux를 사용하는 한 Python이 설치되어 있을 것입니다. 이것은 효과가 있을 수 있습니다.

Question 3

이를 수행할 수 있는 명령은 다음과 같습니다.

grep "^>" /User/Bin/*.fa | awk -F ":>|\\." '{sub(".*/", "", $1);printf "%s\t%s_%d\n",$4,$1,$2+1}'

단계를 설명하겠습니다

grep "^>" /User/Bin/*.fa

위 명령은 원하는 패턴이 있는 행만 파악하고 그에 따라 파일 이름을 인쇄합니다. awk를 사용하여 일치하는 행을 인쇄할 수도 있지만 grep을 사용하면 파일 이름에 필요한 작업을 더 쉽게 수행할 수 있습니다.

awk -F ":>|\\."

이렇게 하면 ":>" 문자 또는 "."이 필드 구분 기호로 작동하여 grep의 출력이 4개 부분으로 분할됩니다. 1. 파일 이름 최대 첫 번째 "." 2. 인덱스 이름 3. 확장자 4. 실제 grep 모델

{sub(".*/", "", $1)

위 단계에서는 파일 이름의 첫 번째 부분에서 기본 이름을 제거합니다.

printf "%s\t%s.%d\n",$4,$1,$2+1}

필요에 따라 두 번째 부분이 1씩 증가하고 탭 구분을 위해 탭이 삽입되는 최종 인쇄를 수행합니다.

Answer