DNA 채점 스크립트 파일 [닫기]

sed -e 's/A/./g'   -e 's/T/../g' \
    -e 's/C/.../g' -e 's/G/..../g' file |
awk '{ printf("seq_number %d has score = %d\n", NR, length) }'

산출:

seq_number 1 has score = 28
seq_number 2 has score = 28
seq_number 3 has score = 27

이 sed명령은 각 베이스를 점수를 나타내는 여러 포인트로 대체합니다. 이 awk명령은 지금까지 읽은 줄 수를 인쇄하고 줄의 총 점수인 줄 길이를 계산합니다.

첫 번째 sed표현은 s/A/./g실제로 정확할 필요는 없습니다.

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변형(재미로 약간 더 짧음):

sed -e 's/G/TT/g;s/C/TA/g;s/T/AA/g' file |
awk '{ printf("seq_number %d has score = %d\n", NR, length) }'

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한 줄에 하나씩 분수만 제공하는 변형:

tr 'ATCG' '1234' <file | awk -F'\0' -vOFS="+" '$1=$1' | bc

먼저 각 문자를 해당 문자의 분수로 바꾼 다음 ,를 사용하여 awk각 숫자 사이에 삽입합니다. +그런 다음 각 행의 총점 계산을 처리합니다 bc.

마지막으로, 마지막 것의 변형이지만 합계만 포함됩니다 sed( bc다시 분수만 인쇄됩니다).

sed 'y/ATCG/1234/;s/\(.\)/+\1/g;s/^+//' file | bc 

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썬딥이 제안한

sed 'y/ATCG/1234/;s/./+&/2g' file | bc

이것은 내 마지막 것의 짧은 변형입니다.

먼저 명령을 사용하여 문자를 해당 숫자로 변경한 y다음 각 문자(두 번째 문자부터 시작)를 이전 문자 자체로 바꾸 +므로 입력 문자열에 대해 출력을 ACCA얻습니다 . 그런 다음 이 산술 표현식을 평가하는 데 사용됩니다.1+3+3+1bc

sed그의 솔루션은 표준이 sedget 및 as replacement 플래그를 모두 좋아하지 않기 때문에 GNU에서만 작동합니다 2.g

간단한 awk 스크립트로 다음을 수행할 수 있습니다.

점수.awk

BEGIN {
  values["A"]=1
  values["T"]=2
  values["C"]=3
  values["G"]=4
}

{
  split($0, letters, "");
  sum=0;
  for (letter in letters)
    sum += values[letters[letter]];
    print "seq_number", NR, "has score =", sum;
}

예제 데이터를 실행하면 다음과 같은 결과를 얻습니다.

$ awk -f score.awk < input
seq_number 1 has score = 28
seq_number 2 has score = 28
seq_number 3 has score = 27

이제 어쨌든 질문에 대한 답이 나왔으니, 여기에 몇 가지 perl/ruby농담이 있습니다.

$ perl -MList::Util=sum0 -lne 'print "seq_number $. has score = ", sum0 split //, tr/ATCG/1234/r' ip.txt
seq_number 1 has score = 28
seq_number 2 has score = 28
seq_number 3 has score = 27
$ ruby -ne 'puts "seq_number #{$.} has score = #{$_.tr("ATCG", "1234").chars.sum(&:to_i)}"' ip.txt
seq_number 1 has score = 28
seq_number 2 has score = 28
seq_number 3 has score = 27

아이디어는 동일하며 문자가 단위 숫자로 변환되는 한 작동합니다.

• 따라서 먼저 해당 사용으로 tr변경하십시오 .ATCG1234
• 그런 다음 문자열을 문자별로 나누고 숫자를 합산하십시오.

그리고 awk반환 값을 사용하는 버전split

$ awk 'BEGIN{a["A"]=1; a["T"]=2; a["C"]=3; a["G"]=4}
       {score = 0; for(k in a) score += (split($0, n, k)-1)*a[k];
        print "seq_number " NR " has score = " score}' ip.txt
seq_number 1 has score = 28
seq_number 2 has score = 28
seq_number 3 has score = 27