☰

침대 정렬 명령을 찾을 수 없습니다.

tag-icon • tag-icon linux scripting bioinformatics command-not-found
침대 정렬 명령을 찾을 수 없습니다.

"내 것이 아님"이라는 코드가 있습니다.

wget -qO- http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp142Common.txt.gz \
    | gunzip -c - \
    | cut -f2,3,4,5,10 - \
    | sort-bed - \
    > hg19.snp142.bed

터미널에서 실행하면 다음 오류가 발생합니다.

정렬 침대: 명령을 찾을 수 없습니다

어떻게 고치나요?

답변1

sort-bed포함 된BEDOPS: 빠르고 확장성이 뛰어나며 쉽게 병렬 게놈 분석 툴킷, 다음을 통해 쉽게 설치할 수 있습니다.이 단계:

  1. 다음에서 Linux용 최신 64비트 패키지를 다운로드하세요.Github BEDOPS 버전. 컴파일 타임 변수를 조정하여 소스에서 32비트 바이너리를 빌드할 수 있습니다.여기.

  2. 원하는 위치에 패키지를 추출합니다. 64비트 Linux의 경우:

    tar jxvf bedops_linux_x86_64-vx.y.z.tar.bz2

    x, y및 z을 다운로드한 BEDOPS 버전 번호로 바꾸세요 .

  3. 추출된 바이너리를 선택한 환경의 위치에 복사합니다 . PATH예를 들면 다음과 같습니다 ./usr/local/bin

    cp bin/* /usr/local/bin

    필요에 따라 이 대상 폴더를 변경합니다.

관련 정보