입력 목록을 기반으로 파일의 텍스트를 일괄 변경하는 방법

그리고 sed:

sed '/|/{H;d;};G;s/\([A-Z0-9]*\)\(.*\n\)\1\(|[^[:cntrl:]]*\)/\1\3\2\1\3/;P;d' FILE2 FILE1

그러면 문제가 해결될 것입니다. 이건 적응이야이 답변. 자세한 설명이 나와있습니다.

이것은 작동합니다:

$ awk 'NR==FNR{k=sub(/\|.*/,$1); a[k]=$1; next} ($2 in a){$2=a[$2]}1' file2 file
Genome Gene Boolean
E15_14 VFG000923|fepA 1
E15_14 VFG000924|fepB 1
E15_14 VFG000926|fepD 0
E15_14 VFG000928|fepG 1
E15_14 VFG000930|entF 0
E15_14 VFG000932|entE 0
E15_14 VFG000933|entB 1
E15_14 VFG001448|kpsD 1
E15_14 VFG001450|kpsM 1
E15_14 VFG044165|entS 0

또는 읽기가 더 쉽습니다.

awk 'NR==FNR{
        k=sub(/\|.*/,$1); 
        a[k]=$1; 
        next
    } 
    ($2 in a){
        $2=a[$2]
    }1' file2 file

설명하다

• NR==FNR{ }: NR은 현재 입력 라인 번호이고, FNR은 현재 파일의 라인 번호입니다. 여러 파일을 읽을 때 두 파일은 첫 번째 파일을 읽을 때만 동일합니다.
• k=sub(/\|.*/,$1);:줄에서 다음 부분을 제거합니다 |(위에서 언급한 것처럼 이는 첫 번째 파일에서만 발생하므로 NR==FNR).
• a[k]=$1;: 첫 번째 파일의 첫 번째 필드를 키가 유전자 이름인 배열의 값으로 저장합니다 ( a첫 번째 필드 |이후의 모든 항목은 제거됨).
• next: 다음 줄로 이동합니다. 이렇게 하면 첫 번째 파일을 읽는 동안 다음 블록을 실행하지 않게 됩니다.
• ($2 in a): 두 번째 필드가 배열의 키로 존재하는 경우 a(두 번째 파일에 대해서만 실행됩니다)
• $2=a[$2]: 두 번째 필드를 afor 에 저장된 항목 으로 설정합니다 $2.
• 1: 이것은 "현재 줄 인쇄"에 대한 awk의 약어입니다. awk의 내용이 true로 평가되면 기본 작업은 현재 줄을 인쇄하는 것이기 때문에 작동합니다. 항상 true 이므로 1인쇄됩니다.

perl -lne '
   @ARGV and %h=(%h, /(.*)\|/ => $_),next;
   !@ARGV and !$a++ and print,next;
   print s//$h{$1}/r if exists $h{(/\h\K(\S+)(?=\h)/)[0]};
' FILE2 FILE1

설명하다

• 더 작은 파일(FILE2)을 읽을 때 이전 데이터의 해시를 채우고 %h값은 전체 라인입니다.keyed|
• 더 큰 파일(FILE1)을 읽을 때 먼저 다음을 사용하여 첫 번째 줄을 인쇄합니다. !@ARGV and !$a++의미가 지워졌고 @ARGV처음으로 변수를 볼 수 있습니다.$a
• 나머지 행에서는 식별된 두 번째 필드를 통해 regex /\h\S+\h/키가 해시에 존재하는지 확인합니다 %h. 이것이 사실인 것으로 확인되면 필드를 해당 키에 해당하는 값으로 바꿉니다.