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각 행이 끝날 때까지 각 행의 필드 값을 이전 필드의 값으로 바꿉니다.

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각 행이 끝날 때까지 각 행의 필드 값을 이전 필드의 값으로 바꿉니다.

열 6과 7이 대립유전자 A와 B인 다음 형식의 파일이 있습니다. 내가 해야 할 일은 6열과 7열의 대립유전자를 기반으로 9열과 그 이후의 내용을 변경하는 것뿐입니다. 9열 필드 값이 0이면 6열로 바꾸고, 2이면 7열로 바꿉니다. -1이면 그대로 두고 1은 6/7열로 표시해야 합니다. 각 행이 끝날 때까지 모든 필드에 대해 이 작업을 반복해야 합니다. 참조용으로 이러한 행 중 일부를 아래에 붙여넣었습니다. 행당 약 130개의 필드가 있습니다.

Probe Set ID    Affy SNP ID     Chromosome      Physical Position       Flank   Allele A        Allele B        probeset_id     SunOleic97R     NC94022 S1      S2      S3      S4      S9      S11     S14 
AX-147208720    Affx-152069361  Aradu.A01       5066618 TTTCTTGGCGGCATTGCTGATTTCTTATCATCCAA[A/G]CCATTCTTCTTTGTGTCAGGGTGGAATCTAAAATT     A       G       AX-147208720    0       2       0       0       2
AX-147209428    Affx-152065184  Aradu.A01       9154456 TAGCTGTTGACATGTCAATTGCTAAGGGAGAGTCC[C/T]TTGGAAAGCCCTACATCATTCATCAAATCATTCTC     T       C       AX-147209428    2       0       2       0       0
AX-147209429    Affx-152069061  Aradu.A01       9155638 TCAGCAAATGAACCTCTTAAGAAACCAATTCGGTC[A/G]TTGCTTATCACTAAGCTTTCAATCCCTTTCACTGG     A       G       AX-147209429    2       0       2       0       0
AX-147209430    Affx-152031763  Aradu.A01       9157305 CGGCGCTCTAAAATCCAGATAACAACTCCAACAAC[C/T]AAGAAAAAGGTTGCTGTGACAAACCACATCATTGG     T       C       AX-147209430    2       0       2       0       0
AX-147209432    Affx-152067683  Aradu.A01       9205209 CCCTTAATTGGGGAAGAGAGTTGTTCCACTGTGAG[A/G]ATTGATGTTAGGCTTGCAATGTAGCTTGAATTCAG     A       G       AX-147209432    2       0       2       0       0
AX-147209600    Affx-152035192  Aradu.A01       9873259 CTCCTTCTCTCGGTTTCCAAGACAAAAGAAAGACA[A/G]ATATCTTTTAAGATCTTCCTCAGTTTTGTTCTCCC     A       G       AX-147209600    2       0       0       0       0
AX-147209601    Affx-152067325  Aradu.A01       9873427 TGGCCACATTGGAACCACAACATACACAGTGAAGT[C/T]TTGCTTAGCTTTAATCTTGCTAACAATTTTAAGTG     T       C       AX-147209601    2       0       0       0       0
AX-147209615    Affx-152066978  Aradu.A01       9974460 AAAACTCACAATTCTTCTTTGATGATCTGAGTCCT[C/T]TCCATTTGACAATTTAGCATCCACCACCACAATCT     T       C       AX-147209615    0       2       2       2       2

처음에는 다음을 사용하여 열 9의 값을 기반으로 필드 값을 바꾸려고 했습니다.

awk '{if ($9 == 0) print $9 == $6}; 1' file.txt |less -S

원본 파일은 변경되지 않습니다. 누구든지 나를 도와줄 수 있나요?

답변1

단계별로 해보자

9열($i) 필드 값이 0이면 6열로 바꿉니다.

if ( $i == 0 ) $i=$6 ;

2이면 7열로 바꿉니다.

if ( $i == 2 ) $i=$7 ;

-1이면 그대로 유지되어야 합니다.

#

1은 6/7열로 라벨이 지정되어야 합니다.

if ( $i == 1 ) $i=$6 "/" $7 ;

각 행이 끝날 때까지 각 필드의 모든 필드에 대해 이 작업을 반복해야 합니다.

NR>1  {for(i=9;i<=NF;i++)
        {  } ## ifs ;
       ## for loop is done
       print ; ## print to be done at end of loop.
       }

모든 것을 한꺼번에,

이 모든 줄을 파일에 넣으세요a.awk

NR>1  {for(i=9;i<=NF;i++)
        { if ( $i == 0 ) $i=$6 ;
          if ( $i == 2 ) $i=$7 ;
          if ( $i == 1 ) $i=$6 "/" $7 ;
       } ## if ;
       ## for loop is done
       print ;
       }

어디

  • NF"필드 수"의 내장 기능입니다.
  • print인쇄할 것이다

샘플 데이터 사용

awk -f a.awk sample.txt 
AX-147208720 Affx-152069361 Aradu.A01 5066618 TTTCTTGGCGGCATTGCTGATTTCTTATCATCCAA[A/G]CCATTCTTCTTTGTGTCAGGGTGGAATCTAAAATT A G AX-147208720 A G A A G
AX-147209428 Affx-152065184 Aradu.A01 9154456 TAGCTGTTGACATGTCAATTGCTAAGGGAGAGTCC[C/T]TTGGAAAGCCCTACATCATTCATCAAATCATTCTC T C AX-147209428 C T C T T
AX-147209429 Affx-152069061 Aradu.A01 9155638 TCAGCAAATGAACCTCTTAAGAAACCAATTCGGTC[A/G]TTGCTTATCACTAAGCTTTCAATCCCTTTCACTGG A G AX-147209429 G A G A A
AX-147209430 Affx-152031763 Aradu.A01 9157305 CGGCGCTCTAAAATCCAGATAACAACTCCAACAAC[C/T]AAGAAAAAGGTTGCTGTGACAAACCACATCATTGG T C AX-147209430 C T C T T
AX-147209432 Affx-152067683 Aradu.A01 9205209 CCCTTAATTGGGGAAGAGAGTTGTTCCACTGTGAG[A/G]ATTGATGTTAGGCTTGCAATGTAGCTTGAATTCAG A G AX-147209432 G A G A A
AX-147209600 Affx-152035192 Aradu.A01 9873259 CTCCTTCTCTCGGTTTCCAAGACAAAAGAAAGACA[A/G]ATATCTTTTAAGATCTTCCTCAGTTTTGTTCTCCC A G AX-147209600 G A A A A
AX-147209601 Affx-152067325 Aradu.A01 9873427 TGGCCACATTGGAACCACAACATACACAGTGAAGT[C/T]TTGCTTAGCTTTAATCTTGCTAACAATTTTAAGTG T C AX-147209601 C T T T T
AX-147209615 Affx-152066978 Aradu.A01 9974460 AAAACTCACAATTCTTCTTTGATGATCTGAGTCCT[C/T]TCCATTTGACAATTTAGCATCCACCACCACAATCT T C AX-147209615 T C C C C

awk는 원본 파일을 편집하지 않습니다. 다음을 사용해야 합니다.

awk -f a.awk file1.txt > file2.txt
cp file2.txt file1.txt
rm file2.txt

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