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grep / 텍스트 구문 분석

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grep / 텍스트 구문 분석

Medline 초록에서 약물 이름을 구문 분석해야 합니다. 출력을 가져온 다음 붙여넣기를 사용하여 이 작업을 수행하려고 했지만 동일한 줄에 있더라도 각 일치 항목에 대해 하나의 출력이 생성되기 grep -wf때문에 grep -owf출력이 일치하지 않습니다 .grep -owf

패턴 파일: 

DrugA
DrugB
DrugC
DrugD

구문 분석할 파일:

In our study, DrugA and DrugB were found to be effective.  DrugA was more effective than DrugB.
In our study, DrugC was found to be effective
In our study, DrugX was found to be effective

원하는 출력:

DrugA    In our study, DrugA and DrugB were found to be effective. DrugA was more effective.
DrugB    In our study, DrugA and DrugB were found to be effective. DrugA was more effective.
DrugC    In our study, DrugC was found to be effective

답변1

어쩌면 방법이 있을까요 awk?

awk '
    NR == FNR {
        a[$0] = 1
        n = length($0)
        w = n > w ? n : w
        next
    }
    {
        for (i in a)
            if ($0 ~ i)
                printf "%-* s %s\n", w, i, $0
    } 
' pattern_file.txt data_file.txt

답변2

엄밀히 말하면 혼자가 아니지만 grep다음과 같이 작동합니다.

while IFS= read -r pattern; do
    grep "$pattern" input | awk -v drug="$pattern" 'BEGIN {OFS="\t"} { print drug,$0}'
done < "patterns"

답변3

일방 sed통행:

sed 's|.*|/&/{h;s/^/&\\t/p;g}|' pattern_file | sed -nf - input

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