저는 서버에서 프로그램을 처음 사용하기 때문에 연구소의 서버와 그에 연결된 저장소에 사용자 계정을 할당했습니다. 루트 액세스 권한이 없습니다. 모든 프로그램(예: , , bedtools, )은 서버의 Softwares 디렉터리에 설치되며 내 파일은 모두 할당된 저장소에 있습니다. 일부 프로그램은 실행할 수 있지만 다른 프로그램은 실행할 수 없습니다. 예를 들어, 내 디렉터리에서 실행할 수 있지만 using 명령을 실행할 때마다 프로그램을 저장한 디렉터리에서 어떻게 사용/실행합니까?라는 메시지가 표시됩니다. 무엇이 문제일까요?samtoolsbowtie2tophat2samtoolsbedtools bamtofastq-bash: command not found
답변1
bash는 변수에 의해 지정된 디렉토리에서 바이너리 파일/명령을 찾으려고 시도합니다 $PATH. echo $PATHbash가 명령을 찾는 위치를 확인하세요 .
이러한 디렉터리에 없는 명령을 사용하려면 전체 경로를 지정해야 합니다. 예를 들어. 프로그램은 /opt/sw/tools에 저장되므로 를 호출해야 합니다 /opt/sw/tools/samtools.