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여러 파일에서 원하지 않는 줄을 고유하게 제거

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여러 파일에서 원하지 않는 줄을 고유하게 제거

여러 출력 파일에서 불필요한 데이터를 제거해야 합니다. 각 파일의 일부는 아래와 같습니다.

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:18697:4431_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

처음 4줄은 출력 결과를 나타냅니다.

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:7647:16266_2:N:0:215
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

0번의 클릭, 즉 4개 행 모두의 출력을 제거해야 합니다(위에 표시됨).

결과는 다음과 같습니다. 1개의 히트가 발견되고 2개의 추가 행이 추가되었습니다. 6행은 "#" 기호로 시작하지 않습니다. 어떻게 사용하나요?

grep -B

이렇게 하라는 명령이요? 예상되는 출력은 "1개의 적중 항목 발견" 결과만 있는 파일입니다. 다음과 같이

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
JN673389_(modified) Trypanosoma congolense isolate TS07210 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196   JN673389_(modified) 2.04e-105   1   231 23  253
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
TCU22315_(modified) Trypanosoma congolense IL1180 18S, 5.8S, 28S-LS1, srRNA1, complete sequence, and 28S-LS2 ribosomal RNA, partial sequence    M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196   TCU22315_(modified) 1.40e-75    1   156 1176    1021

답변1

다음과 같이 tac파일 행을 반전시키고 일치 패턴이 포함된 행을 포함하여 일치 패턴 앞의 3개 행을 제거할 수 있습니다.sed

tac filename | sed '/0 hits/I,+3 d' | tac

파일을 그 자리에서 편집하려면 -i명령에 옵션을 사용할 수 있습니다 sed. 예를 들어 다음과 같습니다.

tac filename | sed -i '/0 hits/I,+3 d' filename | tac

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