나는해야한다개발 도구이 기능이 필요하기 때문에install_githubCRAN이 아닌 패키지 설치디지털화 여기. 제가 설치한 R
것은
sudo apt-get install r-cran-robustbase
terdon의 답변에서 제안한 대로 R용 패키지를 즉시 설치하지 않았지만 권한을 수정할 수 있었습니다.
sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/
이게 기본 설정인 것 같아요. 그런 다음 성공적으로 설치된 rcs의 답변 제안을 따라야 했지만 다음을 사용해야만 했습니다 devtools
.tpoisot/digitize
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')
마지막 명령의 출력은 다음과 같습니다.
Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installation
이렇게 하세요 install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)
. 하지만 아마도 다음과 같은 결과를 얻게 될 것입니다.
...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet \
CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b' \
--library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests
Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)
아무것도 찾을 수 없습니다 sudo
. 이렇게 하고 sudo R
같은 일을 반복하면 얻을 수 있습니다.
...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet \
CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b' \
--library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests
* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)
masi
에서 없이 작업하려면 기존 그룹에 추가하세요 staff
. 새로 설치할 때도 필요합니다.sudo
R
sudo usermod -a -G staff masi
설치 테스트
나는 투어 가이드의 지시를 따랐다여기. 나는 테스트 이미지를 시작 하고 사용한 적이
R
없습니다 .$HOME/Pictures/
sudo
여기.마우스로 축의 네 점을 선택합니다.
cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')
- 수동으로 수행
data.points = digitize::DigitData(col = 'red')
하고 데이터 포인트가 될 포인트를 선택하세요.
두 번째 클릭으로 Plot 창을 닫습니다.
해
df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)
보고df
x y 1 71.50 NA 2 65.65 NA ... 24 26.80 NA
행위
head(df)
x y 1 71.50 NA 2 65.65 NA 3 64.60 NA 4 60.85 NA 5 59.05 NA 6 58.15 NA
설치 세부사항
내부
R
와 외부sudo
> .Library [1] "/usr/lib/R/library" > > .libPaths() [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" [3] "/usr/lib/R/library"
ls /usr/lib/R/library/
목록에 없는 명령은 무엇 입니까devtools
? 왜?base compiler grid methods rpart survival boot datasets KernSmooth mgcv spatial tcltk class foreign lattice nlme splines tools cluster graphics MASS nnet stats translations codetools grDevices Matrix parallel stats4 utils
주문하다
ls -la /usr/local/lib/R/
total 12 drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 . drwxr-xr-x 5 root root 4096 touko 19 22:25 .. drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
주문하다
ls -la /usr/local/lib/
total 20 drwxr-xr-x 5 root root 4096 touko 19 22:25 . drwxr-xr-x 14 root root 4096 touko 19 22:13 .. drwxrwsr-x 4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7 drwxrwsr-x 3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5 drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
주문하다
R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) ...
library(devtools)
로드되었습니다
차동 도구
- 이 프로젝트는 더 인기가 있고 효과가 더 좋습니다. https://github.com/markummitchell/engauge-digitizer
이전 오류의 원인
- 클린 시스템 없음: 14.04, 15.10 등에서 업그레이드된 시스템
- 이전 항목으로 인해 권한/소유자가 엉망이 되었습니다.
- 그 과정에서 내가 저지른 실수들.
- 장애 발생시 백업이 되지 않습니다.
- ...
- 누락된 문서
시스템: Ubuntu 16.04 64비트 새로 설치
하드웨어: Dell PC 2013, Macbook Air 2013-mid,...
답변1
httr
openssl
시스템에 필요한 패키지 가져오기 libssl-dev
( sudo apt install libssl-dev
)
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
* deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...
이 curl
패키지는 시스템 요구 사항으로 필요합니다 libcurl4-openssl-dev
.
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...
따라서 설치하려면 다음을 실행해야 합니다.
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
그런 다음 및 다음을 사용하여 R 셸을 시작합니다 sudo R
.
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')
답변2
일반적으로 시스템 디렉터리에 대한 권한만 변경하는 것은 아닙니다! 이것이 루트 액세스의 목적입니다. 권한을 찾은 방법으로 복원하고 다음에 결과 루트 R 셸 sudo R
에서 실행합니다.install.packages
이제 설치할 수 없는 이유는 표시되는 출력에 있습니다.
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’
확실히,rcs에서 설명했듯이libssl-dev
, Ubuntu에서는 및 를 설치해야 합니다 libcurl4-openssl-dev
.
다음 문제는 루트 사용자의 R 설치가 /usr/local/lib/R/site-library
출력의 첫 번째 디렉터리이고 .libPaths
일반 사용자의 경로에 없다는 것입니다. 루트의 첫 번째 항목이므로 라이브러리가 설치된 위치는 다음과 같습니다.
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
따라서 간단한 해결책은 이라는 파일을 만들고 ~/.Rprofile
다음 줄을 추가하는 것입니다.
.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")
또는 추가적으로 다음과 같은 줄을 추가할 수 있습니다.
.libPaths("/home/masi/Rlibs")
이렇게 하면 나중에 해당 디렉토리에 라이브러리를 설치할 수 있으므로 /home/masi/Rlibs
(원하는 이름 선택) sudo R
.
또는 환경 변수를 (또는 라이브러리가 설치된 다른 위치) R_LIBS_USER
로 설정할 수 있습니다. 다음 줄을 다음 줄에 추가하세요 ./usr/local/lib/R/site-library/
/home/masi/Rlibs
~/.profile
R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/