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각 디렉토리로 이동하여 특정 파일에 대해 명령을 실행하려면 어떻게 해야 합니까?

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각 디렉토리로 이동하여 특정 파일에 대해 명령을 실행하려면 어떻게 해야 합니까?

parent_directory의 각 디렉터리를 반복하고 특정 파일에 대해 명령을 실행하는 bash 스크립트를 작성하는 방법.

디렉토리 구조는 다음과 같습니다.

Parent_dir/
  dir1/
   acc.bam
  dir2/
   acc.bam
  dir3/
   acc.bam
... around 30 directories

이것이 내가 사용하고 싶은 명령입니다:

java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output

답변1

일반적인 관용어는

for d in Parent_dir/*/
do
     (cd "$d" && $command)
done

루프 for는 .txt 파일의 각 디렉터리에 대해 한 번씩 직접 실행됩니다 Parent_dir. 각 디렉터리에 대해 하위 쉘이 생성됩니다. 하위 쉘에서 해당 디렉터리로 변경하려고 시도하고(예를 들어 충분한 권한이 없는 경우 실패할 수 있음) 성공하면 명령을 실행합니다. 성공 여부는 cd상위 셸에 영향을 주지 않으므로 잘못된 위치에 대해 걱정할 필요가 없습니다.

좀 더 견고하게 만들고 싶다면

    (cd "$d" && test -r acc.bam &&  $command)

acc.bam디렉토리가 존재하고 읽을 수 있는지 확인하십시오 . test -w .쓰기 불가능한 디렉토리에서 명령을 실행하지 않으려면 를 추가할 수도 있습니다 .

PS 위의 어느 것도 Bash에만 국한되지 않습니다. /bin/sh를 상당히 쉽게 사용할 수 있습니다.

답변2

.를 사용하여 상위 디렉토리의 파일을 반복합니다 for FILE in *; do ...; done. 파일이 디렉터리인 경우 cd해당 디렉터리로 이동하여 명령을 실행한 다음 cd ...

cd $parent_directory
for FILE in *; do
    if [ -d "$FILE" ]; then
        cd "$FILE"
        java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output
        cd ..
    fi
done

디렉토리 변경을 피하기 위해 명령에 파일 이름을 사용할 수도 있습니다 I="$FILE/acc.bam".

답변3

당신이 해야 할 일은 parent_directory의 각 디렉토리로 가서 java 명령을 실행하는 것뿐입니다. parent_directory로 돌아가려면 다음을 사용하세요.

cd ..

parent_directory의 디렉토리 목록을 얻으려면 다음을 사용할 수 있습니다.

find -mindepth 1 -maxdepth 2 -type d

디렉터리와 하나의 중첩 수준만 나열됩니다.

루프는 다음과 같습니다:

cmd="java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output"
for path in `find -mindepth 1 -maxdepth 2 -type d` 
do
    cd "$path"
    $cmd
    cd ..
done

Java 명령은 스크립트를 더 쉽게 읽을 수 있도록 별도의 변수에 배치됩니다.

답변4

(적어도 BSD, GNU) find구현을 지원함으로써:-execdirsfind

find ParentDir -name acc.bam -execdir \
  java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics \
  REF_FLAT=/refFlathuman.refflat \
  STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output \;

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