Linux에서 다음 bash 스크립트를 실행하려고 하는데 다음과 같은 오류 메시지가 나타납니다 line 31: Rscript: command not found. 어딘가에서 잘못될 경우 조언을 주실 수 있습니까?
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae
nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX`
cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir
cd $nodeDir
cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out
#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.
XXX=`pwd`
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript R/repetability.R
DATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"
cp -r out "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"
수동으로 액세스한 다음 R을 실행하려고 하면 tmp/phuong.XXXXX/garuns정상적으로 작동합니다.
답변1
R이 이미 설치되어 있는 경우 PATH변수가 잘못 선택되었을 수 있습니까 RScript? 확인해보세요which RScript
이 경우
export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH
참조할 때 절대 경로를 제공하여 무차별 공격을 시도합니다 RScript.
~/R-3.2.5_patched/bin/RScript/R/repetability.R
답변2
R을 설치해야 합니다.
우분투를 예로 들어 보겠습니다.
sudo apt-get install r-base-core
그러면 명령줄에서 명령 Rscript이 인식됩니다.
나는 이것을 했고 효과가 있었지만 수백 개의 종속성이 설치되어 설치 규모가 상당히 크다는 점에 유의하십시오. 설치에는 몇 분이 걸렸습니다.
답변3
이는 SLURM과 같은 도구를 통해 컴퓨팅 클러스터에 제출된 스크립트처럼 보입니다. 시스템 관리자에게 문의하여 R이 클러스터에 설치되어 있는지, 그리고 설치되어 있는 경우 스크립트에서 R에 대한 액세스를 활성화하는 방법을 문의해야 합니다.
액세스 권한이 있는 클러스터에서 module load somesoftware/version소프트웨어를 실행하는 데 필요한 환경 변수를 업데이트/설정하는 명령을 사용하여 일부 소프트웨어를 로드해야 합니다.
답변4
동일한 오류 메시지가 표시되었지만 이유는 다릅니다. 사람들이 나처럼 여기에 도착할 것이기 때문에 여기에 게시하십시오.
첫 번째 줄이 #!/bin/bash문제가 아닌지 확인하십시오. 그렇지 않으면 #!/bin/sh일부 명령이 module load <>실행되지 않습니다.