프로그램은 하나의 터미널에서만 실행될 수 있습니다

Question

할당 후 세미콜론이 누락되었습니다.케이,k=...

첫 번째 터미널에서는 아마도 다음과 같은 몇 가지 테스트를 미리 수행했을 것입니다.

k=`echo blah_RG.bam | sed  "s/.bam/_Reordered.bam/"`
echo $k

이제 이것이 k쉘에 설정되었습니다.

그런 다음 이를 확장하여 Java 처리를 포함하면 출력 파일은 $k.

그런 다음 새 터미널을 엽니다. 여기에는 설정이 없습니다 $k. 그런 다음 동일한 명령을 실행하려고 시도하지만 $k설정되지 않았기 때문에 Java 프로그램에서 파일을 찾을 수 없다고 불평합니다. O= "$k"~ 할 것이다O= ""

이는 또한 다양한 내용을 언급하는 오류 메시지와도 일치합니다....Writer그리고FileOutput...상대적인...Reader그리고FileInput.... 이름이 없거나 비어 있는 파일은 열 수 없습니다.

비교를 위해 printenv또는 env명령에 쉘 변수가 포함되어 있지 않다는 점에 유의하십시오. 예를 들어보세요.(set -o posix; set)

간단한 예:

$ touch 1.foo 2.foo 3.foo
$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')"; done

# Now k is set to last *.foo

$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')" printf "i=%s k=%s\n" "$i" "$k"; done
i=1.foo k=3.bar
i=2.foo k=3.bar
i=3.foo k=3.bar

;그런 다음 다음을 시도하도록 할당한 후 $k:

$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')"; printf "i=%s k=%s\n" "$i" "$k"; done
i=1.foo k=1.bar
i=2.foo k=2.bar
i=3.foo k=3.bar

다음과 같이 변경할 수 있습니다.

for fn in *_RG.bam
do
    printf "Processing: %s\n" "$fn"

    java -jar /home/Programas/picard-tools-1.107/ReorderSam.jar \
    R=/local/Referencias/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome.fa \
    I="$fn" O="${fn%.bam}_Reordered.bam"
done

노트:다음은 여러 줄이며 bash를 사용하여 대체되었습니다.

  ${fn%.bam}_Reordered.bam
    | |  |    |
    | |  |    +--------- Append _Reordered.bam
    | |  +-------------- Remove .bam
    | +----------------- Remove substring from end
    +------------------- Variable name

Answer 1

할당 후 세미콜론이 누락되었습니다.케이,k=...

첫 번째 터미널에서는 아마도 다음과 같은 몇 가지 테스트를 미리 수행했을 것입니다.

k=`echo blah_RG.bam | sed  "s/.bam/_Reordered.bam/"`
echo $k

이제 이것이 k쉘에 설정되었습니다.

그런 다음 이를 확장하여 Java 처리를 포함하면 출력 파일은 $k.

그런 다음 새 터미널을 엽니다. 여기에는 설정이 없습니다 $k. 그런 다음 동일한 명령을 실행하려고 시도하지만 $k설정되지 않았기 때문에 Java 프로그램에서 파일을 찾을 수 없다고 불평합니다. O= "$k"~ 할 것이다O= ""

이는 또한 다양한 내용을 언급하는 오류 메시지와도 일치합니다....Writer그리고FileOutput...상대적인...Reader그리고FileInput.... 이름이 없거나 비어 있는 파일은 열 수 없습니다.

비교를 위해 printenv또는 env명령에 쉘 변수가 포함되어 있지 않다는 점에 유의하십시오. 예를 들어보세요.(set -o posix; set)

간단한 예:

$ touch 1.foo 2.foo 3.foo
$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')"; done

# Now k is set to last *.foo

$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')" printf "i=%s k=%s\n" "$i" "$k"; done
i=1.foo k=3.bar
i=2.foo k=3.bar
i=3.foo k=3.bar

;그런 다음 다음을 시도하도록 할당한 후 $k:

$ for i in *.foo; do k="$(echo $i | sed 's/.foo/.bar/')"; printf "i=%s k=%s\n" "$i" "$k"; done
i=1.foo k=1.bar
i=2.foo k=2.bar
i=3.foo k=3.bar

다음과 같이 변경할 수 있습니다.

for fn in *_RG.bam
do
    printf "Processing: %s\n" "$fn"

    java -jar /home/Programas/picard-tools-1.107/ReorderSam.jar \
    R=/local/Referencias/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome.fa \
    I="$fn" O="${fn%.bam}_Reordered.bam"
done

노트:다음은 여러 줄이며 bash를 사용하여 대체되었습니다.

  ${fn%.bam}_Reordered.bam
    | |  |    |
    | |  |    +--------- Append _Reordered.bam
    | |  +-------------- Remove .bam
    | +----------------- Remove substring from end
    +------------------- Variable name

프로그램은 하나의 터미널에서만 실행될 수 있습니다

답변1

간단한 예:

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