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두 개 이상의 파일을 병합하거나 결합하는 방법은 무엇입니까? [복사]

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두 개 이상의 파일을 병합하거나 결합하는 방법은 무엇입니까? [복사]

네 개의 파일이 있습니다.

파일 1:

gene_id FPKM
TRINITY_DN56960_c4_g1 36.91
TRINITY_DN42427_c0_g1 12.83
TRINITY_DN48728_c0_g1 6.22
TRINITY_DN50706_c0_g2 6604.75
TRINITY_DN51449_c1_g1 8.19
TRINITY_DN48996_c1_g1 28.21

파일 2:

gene_id FPKM
TRINITY_DN48728_c0_g1 6.05
TRINITY_DN50706_c0_g2 5176.34
TRINITY_DN51449_c1_g1 7.58
TRINITY_DN48996_c1_g1 16.47
TRINITY_DN42427_c0_g1 14.03
TRINITY_DN56960_c4_g1 80.91

파일 3:

gene_id FPKM
TRINITY_DN56960_c4_g1 90.91
TRINITY_DN42427_c0_g1 24.03
TRINITY_DN51449_c1_g1 6.58
TRINITY_DN48996_c1_g1 26.47
TRINITY_DN48728_c0_g1 7.05
TRINITY_DN50706_c0_g2 4176.34

파일 4:

gene_id FPKM
TRINITY_DN50706_c0_g2 9176.34
TRINITY_DN56960_c4_g1 120.91
TRINITY_DN42427_c0_g1 34.03
TRINITY_DN48728_c0_g1 7.05
TRINITY_DN51449_c1_g1 7.58
TRINITY_DN48996_c1_g1 36.5

다음과 같은 출력 파일을 원합니다.

gene_id               FPKM1 FPKM2 FPKM3 FPKM4
TRINITY_DN42427_c0_g1 12.83 14.03 24.03 34.03
TRINITY_DN48728_c0_g1 6.22 6.05 7.05 7.05
TRINITY_DN48996_c1_g1 28.21 16.47 26.47 36.5
TRINITY_DN50706_c0_g2 6604.75 5176.34 4176.34 9176.34
TRINITY_DN51449_c1_g1 8.19 7.58 6.58 7.58
TRINITY_DN56960_c4_g1 36.91 80.91 90.91 120.91

그럼 어떻게 해야 할까요?껍데기스크립트?

답변1

이는 다음을 사용합니다.스펀지데비안에서더 많은 유틸리티팩. 아니요세게 때리다주의.

필요에 따라 4개의 입력 파일을 백업한 후(이렇게 하면 파일이 변경됨) 다음을 수행합니다.

# enumerate headers of each file, then sort each file, in place
for f in file* ; do
    sed '1s/.*/&'"$f"'/;s/file//' $f | sort | sponge $f
done
# join sorted files, output to 'fileN'
for f in 34 N2 N1 ; do join --header file[$f] | sponge fileN ; done
# reformat header, in place
sed -i '1s/d/d              /' fileN
cat fileN

산출:

gene_id               FPKM1 FPKM2 FPKM3 FPKM4
TRINITY_DN42427_c0_g1 12.83 14.03 24.03 34.03
TRINITY_DN48728_c0_g1 6.22 6.05 7.05 7.05
TRINITY_DN48996_c1_g1 28.21 16.47 26.47 36.5
TRINITY_DN50706_c0_g2 6604.75 5176.34 4176.34 9176.34
TRINITY_DN51449_c1_g1 8.19 7.58 6.58 7.58
TRINITY_DN56960_c4_g1 36.91 80.91 90.91 120.91

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