프로그램(samtools)의 출력을 다른 프로그램(bamToBed)으로 전달하는 데 실패합니다.

프로그램(samtools)의 출력을 다른 프로그램(bamToBed)으로 전달하는 데 실패합니다.

다음과 같이 한 명령의 출력을 다른 프로그램으로 파이프하려면 어떻게 해야 합니까?

samtools view -bf 0x2 p1163.novo.tier2.bam | bamToBed -i stdin | coverageBed -a stdin -b genes.bed

하지만 내 터미널에서는 표준 입력이 작동하지 않습니다.

답변1

bamToBed -i /dev/stdin

또는

bamToBed -i -

작동해야합니다. 오류가 있습니다.

편집: -bsamtools 옵션이 중요합니다.

관련 정보