두 파일의 모든 열을 포함하는 하나의 파일로 두 파일을 병합해야 합니다.
샘플 파일을 제공합니다. 파일 1
chr loc T1 C1
chr1 100 2 3
chr1 200 3 4
chr2 100 1 4
chr2 400 3 1
파일 2
chr loc T2 C2
chr1 100 1 2
chr1 300 4 1
chr2 100 7 5
chr2 500 1 9
출력 파일은 다음과 같아야합니다
결과물 파일
chr loc T1 C1 T2 C2
chr1 100 2 3 1 2
chr1 200 3 4 0 0
chr1 300 0 0 4 1
chr2 100 1 4 7 5
chr2 400 3 1 0 0
chr2 500 0 0 1 9
답변1
join -a1 -a2 -e 0 -o 0,1.2,1.3,2.2,2.3 \
<(sed 's/ \+/_/' file1 | sort) \
<(sed 's/ \+/_/' file2 | sort) |
sed 's/_/ /' |
column -t |
sort
chr loc T1 C1 T2 C2
chr1 100 2 3 1 2
chr1 200 3 4 0 0
chr1 300 0 0 4 1
chr2 100 1 4 7 5
chr2 400 3 1 0 0
chr2 500 0 0 1 9
sed여기서 가장 까다로운 부분은 join단일 필드에만 조인하는 이유입니다. 여기서 조인 기준은 처음 2개 필드입니다. 따라서 이러한 필드를 단어로 결합해야 합니다. 첫 번째 공백 시퀀스를 밑줄로 바꾸어 조인이 표시되도록 합니다 chr1_100.chr1_200
join입력 파일을 정렬해야 합니다.
나는 사용한다프로세스 교체이는 join파일과 마찬가지로 파이프에서도 작동합니다 sed|sort.
그런 다음 sed다시 호출하여 결합된 필드를 취소하고 column멋지게 만듭니다.
기본적으로 join각 파일의 첫 번째 필드가 키 필드로 사용됩니다.
기본적으로 join실행 여부는내부 조인: 두 파일 모두에 있는 키만 인쇄합니다. -a1옵션을 사용하면 -a2우리가 원하는 완전한 외부 연결이 가능해집니다. 이 -e옵션은 빈 필드에 대한 기본값을 제공합니다. -o모든 필드를 지정하려면 이 옵션이 필요합니다.
awk를 사용할 수도 있습니다.
awk '
{key = $1 OFS $2}
NR == FNR {f1[key] = $3; f2[key] = $4; next}
!(key in f1) {print $1, $2, 0, 0, $3, $4; next}
{print key, f1[key], f2[key], $3, $4; delete f1[key]}
END {for (key in f1) print key, f1[key], f2[key], 0, 0}
' file1 file2 | sort
chr loc T1 C1 T2 C2
chr1 100 2 3 1 2
chr1 200 3 4 0 0
chr1 300 0 0 4 1
chr2 100 1 4 7 5
chr2 400 3 1 0 0
chr2 500 0 0 1 9