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셸에서 파일의 두 줄을 반복합니다.

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셸에서 파일의 두 줄을 반복합니다.

다음과 같은 파일이 있습니다.

>a
TCCACTCCACGC
>b
ACCTCCAG

한 번에 2줄, 즉 그 순서를 고려하는 방식으로 파일을 반복하고 싶습니다. >a그런 다음 이 두 줄을 변수에 저장한 다음 생물정보학 도구인 clustalomega를 추가로 사용하고 싶습니다.

이 같은

for lines in test.fa; 
do 
    clustalo -i $capture -o outputfile; 
done

루프가 진행되는 동안 변수가 처음 캡쳐되는 위치는 다음과 같은 형식을 갖는다.

>a
TCCACTCCACGC

그럼 다음에는

>b
ACCTCCAG

어떻게 해야 하나요?

답변1

변수에서 개행 문자로 구분된 두 줄을 수집하려면...

while read line1 && read line2
do
    bothlines=$line1$'\n'$line2
    do_something_with "$bothlines"
done < test.fa

(ksh, bash, zsh에 적용 가능)

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