GNU Parallel을 사용하여 HPC 클러스터에서 병렬 bash 작업 실행 [닫기]

GNU Parallel을 사용하여 HPC 클러스터에서 병렬 bash 작업 실행 [닫기]

HPC 클러스터에서 GNU를 사용하여 1개의 bash 스크립트( )에서 여러 bash 스크립트를 병렬로 실행하려고 시도했지만 permute2.sh모든 작업을 수행하지는 않았습니다. 무작위로 한 작업을 완료하고 다른 작업이 중단됩니다.

permute1.sh:

PROCS=144 
permuations=1000
seq 1 $permuations | parallel -j $PROCS sh permute2.sh {}

permute2.sh(파일에서 임의의 100줄을 선택하고 몇 가지 작업을 수행하여 정렬합니다.)

id=$1
randomlines=100
awk 'BEGIN{srand();} {a[NR]=$0}
END{for(I=1;I<='$randomlines';I++){x=int(rand()*NR);print a[x];}}'
FILE.txt > results/randomlines.$id.txt

# do stuff with randomlines.$id.txt.. 

실행하면 permute1.sh각 CPU 1에 대해 144개의 파일(randomlines.1.txt - randomlines.144.txt)이 생성되지만 대부분이 비어 있고 작동이 중지되고 일부는 완료되는 것을 볼 수 있습니다. 내가 뭘 잘못했나요?

답변1

귀하의 ulimit -u값은 < 144입니다. 관리자가 변경하도록 하세요.

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