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큰 텍스트 파일에서 줄 추출

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큰 텍스트 파일에서 줄 추출

아래와 같은 데이터가 포함된 텍스트 파일이 있습니다(정확하게는 1875번째 줄).

chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 6585538 6585547 0.905022147 -   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148428 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_-_6585517 
chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 6767855 6767864 0.703029237 +   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148303 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_+_6768100 
chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 8686283 8686292 0.481284243 +   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148085 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_-_8685906 
chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 10660924    10660933    0.818294903 +   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148400 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_+_10661128 
chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 12327417    12327426    0.584010382 -   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148387 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_+_12327504 
chr1    MOTEVOC_cage_181208 TF_binding_site_cage_181208 12327433    12327442    0.825226087 -   .   TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,B,C,D-148388 ;ALIAS MEF2A,MEF2B,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr1_+_12327504

끝에 "+"가 있는 줄을 추출하는 솔루션을 찾고 있습니다. (마지막 이후에 발생합니다 . 다시 한 번 가닥을 추출하여 별도의 파일에 넣고 ;싶습니다 .-

편집: 데이터 세트가 변경되었습니다. 이전에 잘못된 파일을 보았습니다.

답변1

댓글을 통해 +일곱 번째 열 또는 -. 입력 파일은 탭으로 구분됩니다. 아마도 이를 위한 가장 자연스러운 도구는 다음 +과 같은 이름의 파일에 행을 저장 plus하고 다음 파일에 빼기 행을 저장할 때입니다 .minusawk

awk -F'\t' '$7=="+"{print >"plus"} $7=="-"{print>"minus"}' file

작동 방식:

  • -F'\t'

    awk한 번에 하나의 레코드(행)를 읽고 필드로 분할합니다. 여기서는 필드 구분 기호를 탭으로 설정했습니다.

  • $7=="+"{print >"plus"}

    7번째 필드가 이면 +해당 행을 파일에 저장합니다 plus.

  • $7=="-"{print>"minus"}

    마찬가지로 7번째 필드가 이면 -해당 행을 파일에 저장합니다 minus.

답변2

sed -ne '/^[^+-]*+/w plus.file' -e //d -e '/^[^+-]-/w minus.file' <infile

일곱 번째 탭으로 구분된 섹션에 대해 다음을 수행합니다.

sed -ne 'h;s/\([^\t]*\t\)\{6\}[^\t+-]*//
            /^-/{g;w minus.file' -e 'b
         }; /^+/{g;w plus.file'  -e \}

그러나 위의 이스케이프 문자 <tab>대신 리터럴 문자를 사용해야 할 수도 있습니다 .\t

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