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MacOS 발견: 잘못된 옵션 --n

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MacOS 발견: 잘못된 옵션 --n

우선, 저는 Mac 터미널과 SRA 툴킷을 처음 사용합니다. 다음 명령을 사용하여 SRA Toolkit을 사용하여 NCBI에서 sra 파일을 다운로드했습니다.

prefetch -O output_directory --option-file SRR_Acc_List.txt

이것은 작동하지만 sra 파일을 fastq 파일로 다운로드하는 데 사용하려는 명령이 작동하지 않습니다.

find -name \*.sra -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

나에게 다음과 같은 오류가 발생합니다.

find: illegal option -- n
usage: find [-H | -L | -P] [-EXdsx] [-f path] path ... [expression]
       find [-H | -L | -P] [-EXdsx] -f path [path ...] [expression]

답변1

검색할 디렉터리/파일을 하나 이상 제공해야 합니다. 현재 작업 디렉토리에서 검색을 원한다고 가정하면 ..

find . -name '*.sra' -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

find일반적으로 Linux 기반 운영 체제(GNU, busybox 또는 toybox)에서 발견되는 구현은 find기본적으로 현재 디렉터리를 사용합니다(표준 유틸리티에 대한 POSIX 사양에서는 허용되지만 요구되지 않는 동작 find). 따라서 온라인에서 많은 예제를 보았을 수 있습니다 find -name ....

find그러나 macOS(FreeBSD)와 함께 제공되는 버전에서는 find최소한 하나의 검색 디렉터리/파일을 or로 명시적으로 지정해야 합니다 find that-file( find -f that-file후자는 임의의 파일 경로 전달을 허용하는 BSD 확장인 반면 이 find that-file버전은 -조건자 이름과 정확히 일치합니다).

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