쉘 스크립트의 시스템 기능 내에서 기능을 실행하는 방법은 무엇입니까?

Question 1

awk는 다른 도구를 순서대로 호출하는 도구가 아니라 텍스트를 조작하기 위한 도구입니다. 이것이 쉘의 목적입니다. 테스트할 텍스트 입력/출력을 제공하지 않았으므로 이는 테스트되지 않은 추측이지만 코드에서 수행하려는 작업은 다음 셸 루프뿐입니다( IFS설정 또는 수정되지 않았다고 가정).

while read -r _ file; do
    convert "$file" "$output_folder/fastq.txt"
done < <(tail -n +2 meta.txt)

어떤 이유로 호출에 awk를 사용하고 싶다면 convert다음과 같이 하세요.

output_folder="$output_folder" \
awk '
    BEGIN { outfold = ENVIRON["output_folder"] }
    NR>1{ system("convert \047" $2 ("\047 \047" outfold "/fastq.txt\047") }
' meta.txt

그러나 이는 system()이 호출될 때마다 하위 쉘을 생성하므로 awk를 사용하여 이점을 얻기에는 너무 느립니다.

바라보다awk 스크립트에서 쉘 변수를 사용하는 방법ENVIRON[]awk 변형 이 ENVIRON[].

0으로 나누기 오류가 발생하는 이유는 내부 코드는 다음과 같습니다 system().

"convert " $2 $output_folder/"fastq.txt"

숫자가 아닌 문자열이 포함될 output_folder수 있으므로 실행하면 gawk --lint다음과 같은 경고 메시지가 표시됩니다.

warning: attempt to field reference from non-numeric value

/그것에 대해, 그러나 리터럴 문자열이 뒤에 오는 나누기 연산자가 있습니다 "fastq.txt". 이 문자열이 숫자로 처리되면(이 예에서와 같이) 0과 동일하므로 "0으로 나누기"입니다.

귀하의 의견과 업데이트된 질문에 관해:

질문에서 이 기능을 변경하세요.

function convert {
    INPUT=$1
    OUTPUT=$2

    INPUT_R=0
    if [ "${INPUT: -3}" == ".gz" ]; then
        INPUT_S=1
    fi
    if [[ $INPUT_R -eq 1 ]]; then
        gunzip -c ${INPUT} > ${OUTPUT}
    else
        cp -v ${INPUT} ${OUTPUT}
    fi
    chmod ug+rw ${OUTPUT}
}

문제를 해결합니다(일부는http://shellcheck.net당신에게 말할 것입니다 - 쉘에 더 익숙해질 때까지 항상 스크립트에서 이것을 실행하십시오):

#!/usr/bin/env bash

convert() {
    local input=$1 output=$2

    if [[ $input = *.gz ]]; then
        gunzip -c -- "$input" > "$output"
    else
        cp -v -- "$input" "$output"
    fi &&
      chmod -- ug+rw "$output"
}

output_folder='/Users/doc'

# now include this:
while read -r _ file; do
    convert "$file" "$output_folder/fastq.txt"
done < <(tail -n +2 meta.txt)

# or this at the end of the same script:
export -f convert # only works if sh is bash in your env since
                  # system() will call sh to run the command
output_folder="$output_folder" \
awk '
    BEGIN { outfold = ENVIRON["output_folder"] }
    NR>1{ system("convert \047" $2 ("\047 \047" outfold "/fastq.txt\047") }
' meta.txt

awk가 서브셸에서 함수를 호출할 수 있도록 하려면 함수를 내보내야 합니다. 사용하려는 출력 파일이 쓰기 가능하지 않은 이유를 스스로 파악해야 하지만 쉬울 것입니다.

~처럼스티븐 차제라스의견에 언급된 바와 같이(현재 구현된 위의 다른 의견에 감사드립니다):

파일 경로에 문자가 포함되지 않는다는 보장이 없으면 '임의 명령 주입 취약점과 동일합니다.
이는 \47ASCII 기반 시스템을 가정합니다(현재로서는 상대적으로 안전한 가정).
chmod ug+rw이를 0으로 변경하면 이를 방지할 수 있습니다 umask(그러나 월드 파일을 쓰기 가능으로 만드는 것은 어쨌든 매우 나쁜 생각처럼 들립니다).

Answer