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저는 먼저 패턴을 식별한 다음 패턴이 발생하는 횟수를 계산하는 데 도움이 될 수 있는 것을 셸에서 찾고 있습니다. 제목이 훌륭할 것이기 때문에 이러한 시퀀스가 시작되고 끝나는 위치를 알 수 있는지가 중요합니다!
문제를 잘 알고 있어야 합니다.
먼저 HSAT1 좌표를 사용하여 게놈을 마스킹하려고 시도했지만 RepeatMasker잘 작동하지 않았습니다. 그래서 모든 HSAT1 영역이 포함된 FASTA 파일을 얻었습니다.
이제 예를 들면,
acataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgtacataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgt
그러니 여기서 스트레칭을 10번 반복하세요.
먼저 변수로 확장되었는지 감지한 다음 위치와 함께 계산하고 싶습니다.
결과:
Chr17 acataaaatatcaaagtacacaaaatatatattatatactgt 10
감사해요.