구문 오류 지점 >>>. <<< - 쉘 스크립트

.csv 파일의 열에 이름이 저장된 파일 목록을 열고 호출하고 싶습니다.

다음은 내 메타데이터.csv 파일의 헤더와 첫 번째 줄입니다.

Sample_name,file1,file2,i7_Index_Name,i7_Sequence,i5_Index_Name,i5_Sequence,Well,Set,PrimerF,PrimerR,Locus
18S-B-August-5-L2,MI_M06648_0305_001_UDP0001_i7---UDP0001_i5_18S-B-August-5-L2_R1.gz,MI_M06648_0305_001_UDP0001_i7---UDP0001_i5_18S-B-August-5-L2_R2.gz,UDP0001_i7,GAACTGAGCG,UDP0001_i5,TCGTGGAGCG,A01,1,TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG,GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG,18S

이것은 내 스크립트입니다.

1단계: 모든 이름(1개의 이름, 즉 1개의 파일/행)을 저장하는 메타데이터.csv 파일의 두 번째 열을 선택합니다. 2단계: 각 파일을 엽니다.

COLNUM_FILE1=$( cat Desktop/output/fastqs_demultiplexed_for_DADA2/metadata.csv | cut -d ',' -f2)
"${COLNUM_FILE1}"
zsh: command too long: file1\nMI_M06648_0305_001_UDP0001_i7---UDP0001_i5_18S-B-August-5-L2_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0002_i7---UDP0002_i5_18S-B-August-6-L1_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0003_i7---UDP0003_i5_18S-B-August-6-L2_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0004_i7---UDP0004_i5_18S-B-August-6-L3_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0005_i7---UDP0005_i5_COI-A-June-4-L2_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0006_i7---UDP0006_i5_COI-A-June-4-L3_R1.gz\nMI_M06648_0305_001_UDP0009_i7---UDP0009_i5_COI-B-June-4-L2_R1.gz

FILE1=($(awk -F',' -v COLNUM=$COLNUM_FILE1 \
  'NR>1 {print $COLNUM }' "Desktop/output/fastqs_demultiplexed_for_DADA2/metadata.csv" \
  sort | uniq))

이 구문 오류가 발생합니다(점으로 인한 것 같습니다).

awk: syntax error at source line 1
 context is 
         >>> MI_M0667292_927_UPD922_i7-----UDP928_i5_18S-August-5-L2_R1. <<<< gz
awk: bailing out at source line 1
awk: syntax error at source line 1 

해결책이 있나요? rq: 저는 MAC OS M1 Monterey 12.6을 사용하고 있습니다.